1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtgagttgatatttggcataagttgtagagctgtggttatcaaatgtattctgttatgagcttttactcatgtatctactactctttcagtcttcagaatttatgtggtggtgttatttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0040g00410.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|87584053|gb|DY473356.1|DY473356
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGTAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|110712939|gb|EE088423.1|EE088423
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|351026032|gb|FQ428044.1|FQ428044
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|26267610|gb|CA818673.1|CA818673
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|351016637|gb|FQ424064.1|FQ424064
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|110689940|gb|EE066605.1|EE066605
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|110405352|gb|EC970893.1|EC970893
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|110719773|gb|EE095192.1|EE095192
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|37185131|gb|CF604484.1|CF604484
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATEST: gi|110720841|gb|EE097126.1|EE097126
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAAT
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|34545280|gb|CF513512.1|CF513512
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|161715533|gb|FC069462.1|FC069462
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|349829839|gb|FQ422152.1|FQ422152
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|351012831|gb|FQ430394.1|FQ430394
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|110428341|gb|EC994810.1|EC994810
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|110702145|gb|EE080525.1|EE080525
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|71880094|gb|DT029149.1|DT029149
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|351017561|gb|FQ435914.1|FQ435914
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|34543966|gb|CF512198.1|CF512198
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|34362721|gb|CF404306.1|CF404306
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|71880613|gb|DT029668.1|DT029668
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACAGAGEST: gi|110720821|gb|EE097078.1|EE097078
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACAGAG
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|110718292|gb|EE094957.1|EE094957
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|351033938|gb|FQ462993.1|FQ462993
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGGTGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|110727594|gb|EE104529.1|EE104529
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|110707900|gb|EE084829.1|EE084829
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT ANGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|351023141|gb|FQ432524.1|FQ432524
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|349823527|gb|FQ414937.1|FQ414937
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|71879184|gb|DT028239.1|DT028239
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAEST: gi|161719434|gb|FC067375.1|FC067375
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAA
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|351029065|gb|FQ435265.1|FQ435265
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|161712773|gb|FC061997.1|FC061997
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|22010249|gb|BQ795283.1|BQ795283
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|110428899|gb|EC995383.1|EC995383
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|37184434|gb|CF603788.1|CF603788
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATEST: gi|110713723|gb|EE089893.1|EE089893
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAAT
EST: ACAGAGATGGGCCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|110686023|gb|EE063265.1|EE063265
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTATATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|30253109|gb|CB970660.1|CB970660
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACEST: gi|351021754|gb|FQ437139.1|FQ437139
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
ggtgttatttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
tttttttcattttgtg CT-rich tract
aatttttttcattttg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagttgatatttggcataagttgtagagctgtggttatcaaatgtattctgttatgagcttttactcatgtatctactactctttcagtcttcagaatttatgtggtggtgttatttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT