1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttaaataatgcagtatccatcattttcctttttgctgttctttttgtgggttgaagtttctgcattaagtggataattttactgttgttatttgtggcagATGGACATTGTATTGCAACTGTGTCACATGATCGAACAATTAAGTTGTGGTCATCTGCAGAAATTGAAAAGGAGAAGGCTATGGATATAGACTAACTTAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0007g05930.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACATTATCTGGACATGAAGCAAAAGTTACATCTTTGGATATAGCGGAAG ATGGACATTGTATTGCACCTGTGTCACATGATCGAACAATTAAGTTGTGGTEST: gi|18459605|gb|BM437883.1|BM437883
genomic: AACATTATCTGGACATGAAGCAAAAGTTACATCTTTGGATATAACGGAAGgtcagttttt ... tttgtggcagATGGACATTGTATTGCAACTGTGTCACATGATCGAACAATTAAGTTGTGGT
EST: AACATTATCTGGACATGAAGCAAAAGTTACATCTTTGGATATAACGGAAG ATGGACATTGTATTGCAACTGTGTCACATGATCGAACAATTAAGTTGTGGTEST: gi|161717635|gb|FC067897.1|FC067897
genomic: AACATTATCTGGACATGAAGCAAAAGTTACATCTTTGGATATAACGGAAGgtcagttttt ... tttgtggcagATGGACATTGTATTGCAACTGTGTCACATGATCGAACAATTAAGTTGTGGT
EST: AACATTATCTGGACATGAAGCAAAAGTTACATCTTTGGATATAACGGAAG ATGGACATTGTATTGCAACTGTGTCACATGATCGAACAATTAAGGTTGTGGEST: gi|352776830|gb|FQ472717.1|FQ472717
genomic: AACATTATCTGGACATGAAGCAAAAGTTACATCTTTGGATATAACGGAAGgtcagttttt ... tttgtggcagATGGACATTGTATTGCAACTGTGTCACATGATCGAACAATTAA-GTTGTGG
EST: AACATTATCTGGACATGAAGCAAAAGTTACATCTTTGGATATAACGGAAG ATGGACATTGTATTGCAACTGTGTCACATGATCGAACAATTAAGTTGTGGT
genomic: AACATTATCTGGACATGAAGCAAAAGTTACATCTTTGGATATAACGGAAGgtcagttttt ... tttgtggcagATGGACATTGTATTGCAACTGTGTCACATGATCGAACAATTAAGTTGTGGT
gtgggttgaagtttctgcattaagtggataattttactgttgttatttgtggcagATGGACATTGTATTGCAACTGTGTCACATGATCGAACAATTAAGTTGTGGTCATCTGCAGAAATTGAAAAGGAGAAGGCTATGGATATAGACTAACTTAA
ataattttactgttgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttaaataatgcagtatccatcattttcctttttgctgttctttttgtgggttgaagtttctgcattaagtggataattttactgttgttatttgtggcagATGGACATTGTATTGCAACTGTGTCACATGATCGAACAATTAAGTTGTGGTCATCTGCAGAAATTGAAAAGGAGAAGGCTATGGATATAGACTAACTTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- aaataat
- - - - - - - atccatc
- - - - - - - - - - - - - - - - tgctgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgttgt