1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gaagtcatatgtggctcaatgcacagtgtaattgaagccgtaaaagtcataatatcaattcagctgtaatacaacttgatgttttttggttccttttcagGTTAAGTCAAGGATGATGGGAGATTCCACATACAAAAATACACTGGATTGTTTTGTCAAGACTTTGAAGAATGAT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0007g01700.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTTGGGAGCGGGTTTTTTCGCAGTCTGTATTGGCTCCCCAGTTGACGTG GTTAAGTCAAGGATGATGGGAGATTCCACATACAAAAATACACTGGATTGT
genomic: GTTTGGGGGCGGGTTTTTTCGCAGTCTGTATTGGCTCCCCAGTTGACGTGgtatctctct ... tccttttcagGTTAAGTCAAGGATGATGGGAGATTCCACATACAAAAATACACTGGATTGT
gtcataatatcaattcagctgtaatacaacttgatgttttttggttccttttcagGTTAAGTCAAGGATGATGGGAGATTCCACATACAAAAATACACTGGATTGTTTTGTCAAGACTTTGAAGAATGAT
acttgat putative branch site (score: 5)
ttttttggttcctttt CT-rich tract
aatatcaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaagtcatatgtggctcaatgcacagtgtaattgaagccgtaaaagtcataatatcaattcagctgtaatacaacttgatgttttttggttccttttcagGTTAAGTCAAGGATGATGGGAGATTCCACATACAAAAATACACTGGATTGTTTTGTCAAGACTTTGAAGAATGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - caatgca
- - - - - - - - - - - - - - -aattgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtaaaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcagct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatacaa