1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtatgaatagacaaatagaggttcaaaatctttgctcagcagtatttattctacttctcatttatctcttcaacttgattctaaattgttctagAAAAGAAGATCTGTTAAGATTGCCTGTGGAGGTTATGGCAGATGATGATTTAGCAGCAGCTGCTGCTGAGGCTGCTGATGGAAGGCCAGTCTACTGCAGA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0129g00470.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCCTGTCAAATGTTCCAACTTCAAATATCAGCACAAAGTTCAATATAAG AAAAGAAGATCTGTTAAGATTGCCTGTGGAGGTTATGGCAGATGATGATTTEST: gi|26257651|gb|CA808714.1|CA808714
genomic: ACCCTGTCAAATGTTCCAACTTCAAATATCAGCACAAAGTTCAATATAAGgtatgaatag ... attgttctagAAAAGAAGATCTGTTAAGATTGCCTGTGGAGGTTATGGCAGATGATGATTT
EST: ACCCTGTCAAATGTTCCAACTTCAAATATCAGCACAAAGTTCAATATAAG AAAAGAAGATCTGTTAAGATTGCCTGTGGAGGTTATGGCAGATGATGATTTEST: gi|110424500|gb|EC990863.1|EC990863
genomic: ACCCTGTCAAATGTTCCAACTTCAAATATCAGCACAAAGTTCAATATAAGgtatgaatag ... attgttctagAAAAGAAGATCTGTTAAGATTGCCTGTGGAGGTTATGGCAGATGATGATTT
EST: ACCCTGTCAAATGTTCCAACTTCAAATATCAGCACAAAGTTCAATATAAG AAAAGAAGATCTGTTAAGATTGCCTGTGGAGGTTATGGCAGATGATGATTTEST: gi|110385759|gb|EC950311.1|EC950311
genomic: ACCCTGTCAAATGTTCCAACTTCAAATATCAGCACAAAGTTCAATATAAGgtatgaatag ... attgttctagAAAAGAAGATCTGTTAAGATTGCCTGTGGAGGTTATGGCAGATGATGATTT
EST: ACCCTGTCAAATGTTCAAACTTCAAATATCAGCACAAAGTTCAATATAAG AAAAGAAGATCTGTTAAGATTGCCTGT
genomic: ACCCTGTCAAATGTTCCAACTTCAAATATCAGCACAAAGTTCAATATAAGgtatgaatag ... attgttctagAAAAGAAGATCTGTTAAGATTGCCTGT
cagtatttattctacttctcatttatctcttcaacttgattctaaattgttctagAAAAGAAGATCTGTTAAGATTGCCTGTGGAGGTTATGGCAGATGATGATTTAGCAGCAGCTGCTGCTGAGGCTGCTGATGGAAGGCCAGTCTACTGCAGA
ttctaaa putative branch site (score: 2)
ttgttct CT-rich tract
attctaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgaatagacaaatagaggttcaaaatctttgctcagcagtatttattctacttctcatttatctcttcaacttgattctaaattgttctagAAAAGAAGATCTGTTAAGATTGCCTGTGGAGGTTATGGCAGATGATGATTTAGCAGCAGCTGCTGCTGAGGCTGCTGATGGAAGGCCAGTCTACTGCAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG