1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ccctgtagcaaaacacacttgcatgattagcttcttttattatgaacctgtttaggagttgtggaatccagtctttactgaggaaaactgatttttgcagGATTGGATTTGGAAATCACACAGGAGGCATTCCCCTTGACTGGATGTTGGGAGCTTTCATCCTCCAGACAATGCTGGAGCCCCTGGAGCTGGAAACAGAT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0009g01720.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
acctgtttaggagttgtggaatccagtctttactgaggaaaactgatttttgcagGATTGGATTTGGAAATCACACAGGAGGCATTCCCCTTGACTGGATGTTGGGAGCTTTCATCCTCCAGACAATGCTGGAGCCCCTGGAGCTGGAAACAGAT
aactgat putative branch site (score: 3)
tttttgc CT-rich tract
tgattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccctgtagcaaaacacacttgcatgattagcttcttttattatgaacctgtttaggagttgtggaatccagtctttactgaggaaaactgatttttgcagGATTGGATTTGGAAATCACACAGGAGGCATTCCCCTTGACTGGATGTTGGGAGCTTTCATCCTCCAGACAATGCTGGAGCCCCTGGAGCTGGAAACAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
ccctgta
- - - -gcaaaac
- - - - - - - -cacttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaaaac