Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgctcagcataaatttaataatatctttgtttgttgtgttgcataagcatgttgtggataaattttctttattttgtagctttctagtgcttttaataatgcttaaaagtctctttttttgctattgcagCAATGAAAATGATGTTACTGAGAGGCTAAAGCGGATTATTCAAGCAAATGCTAGCCTTCATCAAGAGTTACAGGACACAGGCTCCACATCCAAATGTCTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g03740.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71881653|gb|DT030708.1|DT030708
EST:     CCACCCATCGCTATTCGTCCTTCAGTTTTTATGGATGGTGGAACACAGAG                         CAATGAAAATGATGTTACTGAGAGGCTAAAGCGGATTATTCAAGCAAATGC
genomic: CCACCCATCGCTATTCGTCCTTCAGTTTTTATGGATGGTGGAACACAGAGgtctgctcag ... gctattgcagCAATGAAAATGATGTTACTGAGAGGCTAAAGCGGATTATTCAAGCAAATGC
EST: gi|71887532|gb|DT036587.1|DT036587
EST:     CCACCCATCGCTATTCGTCCTTCAGTTTTTATGGATGGTGGAACACAGAG                         CAATGAAAATGATGTTACTGAGAGGCTAAAGCGGATTATTCAAGCAAATGC
genomic: CCACCCATCGCTATTCGTCCTTCAGTTTTTATGGATGGTGGAACACAGAGgtctgctcag ... gctattgcagCAATGAAAATGATGTTACTGAGAGGCTAAAGCGGATTATTCAAGCAAATGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtagctttctagtgcttttaataatgcttaaaagtctctttttttgctattgcagCAATGAAAATGATGTTACTGAGAGGCTAAAGCGGATTATTCAAGCAAATGCTAGCCTTCATCAAGAGTTACAGGACACAGGCTCCACATCCAAATGTCTG
               ttttaat  putative branch site (score: 3)
                                  tctctttttttgctat  putative PPT
               ttttaataatgcttaa  TA-rich tract