1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tttgagattataattttaatatgttttcttcagaaattttatttactctttccttgctagcaaacaaagcactaaagattaatacattgctttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCGGCTCAAGCATGGAAAGATGCAGGAGGGTGGCTTTTAGGGCTCTCAAAGT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv05s0094g01630.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATG GGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCGEST: gi|161713812|gb|FC063447.1|FC063447
genomic: TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATGgtatgttgaa ... tttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
EST: TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATG GGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCGEST: gi|110372081|gb|EC936226.1|EC936226
genomic: TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATGgtatgttgaa ... tttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
EST: TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATG GGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCGEST: gi|71875371|gb|DT024426.1|DT024426
genomic: TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATGgtatgttgaa ... tttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
EST: TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATG GGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCGEST: gi|110357997|gb|EC921895.1|EC921895
genomic: TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATGgtatgttgaa ... tttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
EST: TGCTTGTTGGGTGGTTTTCATG GGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCGEST: gi|110358562|gb|EC922863.1|EC922863
genomic: TGCTTGTTGGGTGGTTTTCATGgtatgttgaa ... tttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
EST: GAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATG GGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
genomic: GAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATGgtatgttgaa ... tttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
ctctttccttgctagcaaacaaagcactaaagattaatacattgctttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCGGCTCAAGCATGGAAAGATGCAGGAGGGTGGCTTTTAGGGCTCTCAAAGT
ttgctttctt CT-rich tract
taaagattaatacatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttgagattataattttaatatgttttcttcagaaattttatttactctttccttgctagcaaacaaagcactaaagattaatacattgctttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCGGCTCAAGCATGGAAAGATGCAGGAGGGTGGCTTTTAGGGCTCTCAAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - -agaaatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcactaa