1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gtctttgcaatgttgttcatgtttcctttgagcaaggttgttatgtgcactttgatgattactttccttctttttcctttttgttttttgattaattaagGGAGAAACGGGTGAAGGTGGAAGCAACCAGCAAGCCTGGGATAAATGGTCTAATGATGGCACAGAACGAGAAGTAGCAAAGCTCATGGAAGAAGATGTTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv05s0020g04620.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGGTGCAGTGGCACAACTCGTGGCTGACATCCCATTGCCAGCAGTTGAG GGAGAAACGGGTGAAGGTGGAAGCAACCAGCAAGCCTGGGATAAATGGTCAEST: gi|110701293|gb|EE078706.1|EE078706
genomic: CTGGTGCAGTGGCACAACTCGTGGCTGACATCCCATTGCCAGCAGTTGAGgtaacatggg ... attaattaagGGAGAAACGGGTGAAGGTGGAAGCAACCAGCAAGCCTGGGATAAATGGTCT
EST: CTGGTGCAGTGGCACAACTCGTGGCTGACATCCCATTGCCAGCAGTTGAG GGAGAAACGGGTGAANGTGGAAGCAACCAGCAAGCCTGGGATAAATGGTCAEST: gi|110387925|gb|EC952633.1|EC952633
genomic: CTGGTGCAGTGGCACAACTCGTGGCTGACATCCCATTGCCAGCAGTTGAGgtaacatggg ... attaattaagGGAGAAACGGGTGAAGGTGGAAGCAACCAGCAAGCCTGGGATAAATGGTCT
EST: CTGGTGCAGTGGCACAACTCGTGGCTGACATCCCATTGCCAGCAGTTGAG GGAGAAACGGGTGAAGGTGGAAGCAACCAGCAAGCCTGGGATAAATGGTCA
genomic: CTGGTGCAGTGGCACAACTCGTGGCTGACATCCCATTGCCAGCAGTTGAGgtaacatggg ... attaattaagGGAGAAACGGGTGAAGGTGGAAGCAACCAGCAAGCCTGGGATAAATGGTCT
tgcactttgatgattactttccttctttttcctttttgttttttgattaattaagGGAGAAACGGGTGAAGGTGGAAGCAACCAGCAAGCCTGGGATAAATGGTCTAATGATGGCACAGAACGAGAAGTAGCAAAGCTCATGGAAGAAGATGTTG
gattaat putative branch site (score: 3)
ttactttccttctttt CT-rich tract
tttttcctttttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtctttgcaatgttgttcatgtttcctttgagcaaggttgttatgtgcactttgatgattactttccttctttttcctttttgttttttgattaattaagGGAGAAACGGGTGAAGGTGGAAGCAACCAGCAAGCCTGGGATAAATGGTCTAATGATGGCACAGAACGAGAAGTAGCAAAGCTCATGGAAGAAGATGTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - -caatgtt
- - - - - - - gttcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgtgc