1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aagaatagagtcaccatcactgagaaatcttatgtgcaaatttcttggttttcctatgaaacaatttgtcatgtggtgtttgctaatgttctggcaatagGAGGAATGCTTAACAATATGGGGTTAGAGATGTTGATGAACATGTTTGGTGGACTCGGGGCTGGCAGTATGAATATTCCCAGCAGATCTGATG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0210g00220.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAATCAGGTCAGACTGGTGGTGGCACAG GAGGAATGCTTAACAATATGGGGTTAGAGATGTTGATGAACATGTTTGGTGEST: gi|71877103|gb|DT026158.1|DT026158
genomic: GGAATCAGGTCAGACTGGTGGTGGCACAGgtacaaaagt ... ctggcaatagGAGGAATGCTTAACAATATGGGGTTAGAGATGTTGATGAACATGTTTGGTG
EST: GGAATCAGGTCAGACTGGTGGTGGCACAG GAGGAATGCTTAACAATATGGGGTTAGAGATGTTGATGAACATGEST: gi|110695633|gb|EE073874.1|EE073874
genomic: GGAATCAGGTCAGACTGGTGGTGGCACAGgtacaaaagt ... ctggcaatagGAGGAATGCTTAACAATATGGGGTTAGAGATGTTGATGAACATG
EST: GGGATCAAGTCAAACTGGTGGGTGGCACAG GAAGAATGCTTAACAATATGGGGGTTAAAGATGTTGEST: gi|110360433|gb|EC923529.1|EC923529
genomic: GGAATCAGGTCAGACTGGTGG-TGGCACAGgtacaaaagt ... ctggcaatagGAGGAATGCTTAACAATATGGGG-TTAGAGATGTTG
EST: GGAATCAGGTCAGACTGGTGGTGGCACAG GAGGAATGCTTAACAATATGGGGTTAGAGATGTTGATGAACATGTTTGGTGEST: gi|30135176|gb|CB920514.1|CB920514
genomic: GGAATCAGGTCAGACTGGTGGTGGCACAGgtacaaaagt ... ctggcaatagGAGGAATGCTTAACAATATGGGGTTAGAGATGTTGATGAACATGTTTGGTG
EST: GGAATCAGGTCAGACTGGTGGTGGCACAG GAGGAATGCTTAACAATATGGGGTTAGAGATGTTGATGAACATGTTTGGTGEST: gi|110385709|gb|EC950257.1|EC950257
genomic: GGAATCAGGTCAGACTGGTGGTGGCACAGgtacaaaagt ... ctggcaatagGAGGAATGCTTAACAATATGGGGTTAGAGATGTTGATGAACATGTTTGGTG
EST: GGAATCAGGTCAGACTGGTGGTGGCACAG GAGGAATGCTTAACAATATGGGGTTAGAGATGTTGATGAACATGTTTGGTG
genomic: GGAATCAGGTCAGACTGGTGGTGGCACAGgtacaaaagt ... ctggcaatagGAGGAATGCTTAACAATATGGGGTTAGAGATGTTGATGAACATGTTTGGTG
tggttttcctatgaaacaatttgtcatgtggtgtttgctaatgttctggcaatagGAGGAATGCTTAACAATATGGGGTTAGAGATGTTGATGAACATGTTTGGTGGACTCGGGGCTGGCAGTATGAATATTCCCAGCAGATCTGATG
tgctaat putative branch site (score: 2)
aaacaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagaatagagtcaccatcactgagaaatcttatgtgcaaatttcttggttttcctatgaaacaatttgtcatgtggtgtttgctaatgttctggcaatagGAGGAATGCTTAACAATATGGGGTTAGAGATGTTGATGAACATGTTTGGTGGACTCGGGGCTGGCAGTATGAATATTCCCAGCAGATCTGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
aagaata
- - - - - -caccatc
- - - - - - - - - - - agaaatc
- - - - - - - - - - - - - - - tatgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaacaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctaatg