Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaactccttggcatatcatgattttgccttgctggcttttttctgtgttcatgatttaggacatttattactacttgacctgactctgaaatgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGACCCTGCCACTAGCCTTGCCATGAGAGACACAGATATGTCTGAGGCAGCTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0023g03620.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0023g03620.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA01G36990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
aaactccttggcatatcatgattttgccttgctggcttttttctgtgttcatgatttaggacatt--tattactacttgacctgactctgaaatgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGACCCTGCCACTAGCCTTGCCATGAGAGACACAGATATGTCTGAGGCAGCTG
      ||||  |  | |  |    || |      |||      |       || ||   | | |  | ||  |  |||   ||||  | |||||   |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||   | | ||| ||||||||||| || ||  |||
cctaggcttgaaacttaacaaggaagcttga--aacttcacaaggaagatgagaattgacatactatttttgttgtttgtattgaccttcaaatggaaacagGATGATGAGAATGCCTTACTACAGCAGGCGCTTGCAATGTCTATGGATGATCCTGCCATTAGCCATGATGTAAAAGATACAGATATGTCAGAAGCTTCTG

upper sequence: Vv04s0023g03620.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA16G23590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
aaactccttggcatatcatgattttgccttgctggcttttttctgtgttcatgatttaggacatttatta--ctacttgacctgactctgaaatgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGACCCTGCCACTAGCCTTGCCATGAGAGACACAGATATGTCTGAGGCAGCTG
    |  | |  |  |  |  | ||    |       ||    |   |   |    |   | | |  ||   ||   ||| |||| | | |||     |||||   | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | | || ||  | ||||||||| |||||||||||||| |||||||
--gattttggataagttctcttgttttaatttcattcttcccataaatcagtatcatgcaatagtatttgatctgtgtgaactgattttcaaacaaaaacagGTCAACGAGAATGCTCTTCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGATCCCACAATTAACCACGACATGAGAGATACAGATATGTCTGAAGCAGCTG

upper sequence: Vv04s0023g03620.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA02G05250.2 (Glycine max), 3'ss of exon 6
aaactccttggcatatcatgattttgccttgctggc-ttttttctgtgttcatgatttaggacat--ttattactacttgacctgactctgaaatgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGACCCTGCCACTAGCCTTGCCATGAGAGACACAGATATGTCTGAGGCAGCTG
     | || | |||   |  | |||  ||  |  | || || |  |      |  | |||||||  |  ||  |   ||| |||| | | |||      ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | | || || ||   ||||||| |||||||||||||| |||||||
--ttgcttttggataa-gttctcttgttttaatttcattcttcccataaatcagtatcaggacatagtatttgatctgtgaactgattttcaaacaaaagcagGACGATGAGAATGCTCTTCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCAATGGATGATCCCACAATTAACCATGAAGTGAGAGATACAGATATGTCTGAAGCAGCTG

upper sequence: Vv04s0023g03620.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA11G08290.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
aaactccttggcatatcatgattttgccttgctggcttttttctgtgttcatgatttaggacatt--tattactacttgacctgactctgaaatgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGACCCTGCCACTAGCCTTGCCATGAGAGACACAGATATGTCTGAGGCAGCTG
         ||||||| |    | |    |      ||      |       || |||  | | |  | ||  |  |||   ||||  | |||||   ||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||| | ||||| ||   | | ||| |||||||||||||| ||| |||
--ttgtgaaggcatattagatgtctaggcttgaaaattcacaaggaagatgggacttaacatagtattgttgttttttgtattgaccttcaaatggaaacagGATGATGAGAATGCCCTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGATGATTCTGCAATTAGCCATGATGTAAAAGATACAGATATGTCTGAAGCATCTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110425434|gb|EC991819.1|EC991819
EST:     AGCACGCCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATG                         GATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
genomic: AGCACGCCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATGgtttgtctta ... atgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
EST: gi|110690274|gb|EE067240.1|EE067240
EST:     AGCACACCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATG                         GATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
genomic: AGCACGCCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATGgtttgtctta ... atgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
EST: gi|351049150|gb|FQ449872.1|FQ449872
EST:     AGCACGCCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATG                         GATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGGTGAC
genomic: AGCACGCCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATGgtttgtctta ... atgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
EST: gi|110721698|gb|EE098992.1|EE098992
EST:     AGCACGCCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATG                         GATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
genomic: AGCACGCCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATGgtttgtctta ... atgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
EST: gi|110684657|gb|EE062188.1|EE062188
EST:     AGCACACCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATG                         GATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
genomic: AGCACGCCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATGgtttgtctta ... atgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
EST: gi|30137146|gb|CB922484.1|CB922484
EST:     AGCACGCCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATG                         GATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
genomic: AGCACGCCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATGgtttgtctta ... atgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
EST: gi|110693944|gb|EE070616.1|EE070616
EST:     AGCACACCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATG                         GATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
genomic: AGCACGCCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATGgtttgtctta ... atgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
EST: gi|110689984|gb|EE066684.1|EE066684
EST:     AGCACACCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATG                         GATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
genomic: AGCACGCCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATGgtttgtctta ... atgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
EST: gi|110384926|gb|EC949397.1|EC949397
EST:     AGCACACCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATG                         GATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
genomic: AGCACGCCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATGgtttgtctta ... atgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
EST: gi|110386665|gb|EC951280.1|EC951280
EST:     AGCACACCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATG                         GATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC
genomic: AGCACGCCAATGTTGCAGCTTCTGATGCTGATAAGAAAAGTGATCTAATGgtttgtctta ... atgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttcatgatttaggacatttattactacttgacctgactctgaaatgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGACCCTGCCACTAGCCTTGCCATGAGAGACACAGATATGTCTGAGGCAGCTG
                                acctgac  putative branch site (score: 3)
                 atttattactactt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaactccttggcatatcatgattttgccttgctggcttttttctgtgttcatgatttaggacatttattactacttgacctgactctgaaatgctgacagGATGATGAGAATGCTTTGCTACAGCAGGCCCTTGCAATGTCTATGGATGACCCTGCCACTAGCCTTGCCATGAGAGACACAGATATGTCTGAGGCAGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - tccttgg
- - - - - - - - catgatt
- - - - - - - - - - - - - - ttgctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctacttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctctgaa