1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tggataaagttcctatggcttatggcatgaatataatttaatgtggctttctagcaatggtttccttaccagtgaatttaccccacttatgtatctacagGTTGTCAAGTACTTCCTCGATCCAAAAACATTTCAGAAGGTGAAATTTGTTTACCCAAAGAATAAAGAGAGTCTGGAGGTAATGAAGTCACTTTTTGACG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0023g01720.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAATATGCATCCTCTATAATCCTCCCAGAATTTTTGTGGCATTTTGGAAG GTTGTCAAGTACTTCCTCGATCCTAAAACGTTTCAGAAGGTGAAATTTGTT
genomic: CAATATGCATCCTCTATAATCCTCCCAGAATTTTTGTGGCATTTTGGAAGgtctgaactc ... gtatctacagGTTGTCAAGTACTTCCTCGATCCAAAAACATTTCAGAAGGTGAAATTTGTT
gctttctagcaatggtttccttaccagtgaatttaccccacttatgtatctacagGTTGTCAAGTACTTCCTCGATCCAAAAACATTTCAGAAGGTGAAATTTGTTTACCCAAAGAATAAAGAGAGTCTGGAGGTAATGAAGTCACTTTTTGACG
tccttac putative branch site (score: 2)
tgaattta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggataaagttcctatggcttatggcatgaatataatttaatgtggctttctagcaatggtttccttaccagtgaatttaccccacttatgtatctacagGTTGTCAAGTACTTCCTCGATCCAAAAACATTTCAGAAGGTGAAATTTGTTTACCCAAAGAATAAAGAGAGTCTGGAGGTAATGAAGTCACTTTTTGACG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
-ggataaa
- - - - - tcctatg
- - - - - - - - -gcttatg
- - - - - - - - - - - - gcatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggcttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcaatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttacccc