1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...ataggtaaatgctaaggatgggccatatttagggatggcttgttaccaaattatgatgattttcataaaatactaagtgcaagtcatggcattgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAGTTGCCGATCGGGACACTGTTGGTTCTCAATTTATTGTCACCTTCAGTGC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0008g05090.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAGEST: gi|34544006|gb|CF512238.1|CF512238
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAGEST: gi|30295674|gb|CB972468.1|CB972468
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGGCTTCTGTCTATGTCAGEST: gi|352777331|gb|FQ473965.1|FQ473965
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAGEST: gi|34543917|gb|CF512149.1|CF512149
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAGEST: gi|34550009|gb|CF518241.1|CF518241
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAGEST: gi|34550884|gb|CF519098.1|CF519098
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTTTATGTCAGEST: gi|352765311|gb|FQ466008.1|FQ466008
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAGEST: gi|26262030|gb|CA813093.1|CA813093
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG ATGAGTCACGCAGGGTAAAGCATGATGGACCTGGACTTCTGTCTATGTCAGEST: gi|352772302|gb|FQ469827.1|FQ469827
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAGEST: gi|110723917|gb|EE099287.1|EE099287
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
ccaaattatgatgattttcataaaatactaagtgcaagtcatggcattgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAGTTGCCGATCGGGACACTGTTGGTTCTCAATTTATTGTCACCTTCAGTGC
ttgtttc CT-rich tract
ttatgatgattttcat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ataggtaaatgctaaggatgggccatatttagggatggcttgttaccaaattatgatgattttcataaaatactaagtgcaagtcatggcattgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAGTTGCCGATCGGGACACTGTTGGTTCTCAATTTATTGTCACCTTCAGTGC
- aggtaaa
- - - - - - - -ggatggg
- - - - - - - - - - - - - - - -gggatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taccaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaatac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgcaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatggc