1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ctatgcggttccttgatgtaatcaccacaataaatacactactcaactatctatgccttacaattatctgcacctttatatggttgctgtcttactacagGTCCAATGCAATGCCTTTGAAGGTGCAGATGGAGAAGTTTCTTTGACTGCAGCTGGTGGGTTGAGGAAAATACCTGGATTGACTGAAGTGTTTGAAAATG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0008g03600.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
actatctatgccttacaattatctgcacctttatatggttgctgtcttactacagGTCCAATGCAATGCCTTTGAAGGTGCAGATGGAGAAGTTTCTTTGACTGCAGCTGGTGGGTTGAGGAAAATACCTGGATTGACTGAAGTGTTTGAAAATG
gtcttac putative branch site (score: 3)
ctgtctt CT-rich tract
ttacaattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctatgcggttccttgatgtaatcaccacaataaatacactactcaactatctatgccttacaattatctgcacctttatatggttgctgtcttactacagGTCCAATGCAATGCCTTTGAAGGTGCAGATGGAGAAGTTTCTTTGACTGCAGCTGGTGGGTTGAGGAAAATACCTGGATTGACTGAAGTGTTTGAAAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
ctatgcg
- - - - ttccttg
- - - - - - - - - - - caccaca
- - - - - - - - - - - - - - - - aatacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actcaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctatgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggttgc