Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtagtttttggtaacttatgtttttagtcctaacatttgcttgctggatgatctgagtggtagtcatgtagttcctcgtattgcagGTACGCGAAAAGTCATCTGTTGGAAGGGTGGTTATTGATGAAATTGCTGAATATATTCAAGAATCATATCCAAATAATGAATCTGGAATTGTTTATTGCT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0087g00070.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0087g00070.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA09G34860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
--------------------------------------gtgtagtttttggtaacttatgttttt-------agtcctaacatttgcttgctggatgatctgagtggta----gtcatgtagttcctcgtattgcagGTACGCGAAAAGTCATCTGTTGGAAGGGTGGTTATTGATGAAATTGCTGAATATATTCAAGAATCATATCCAAATAATGAATCTGGAATTGTTTATTGCT
                                       | |   | ||| |         |  |       |||  || | || ||||    ||  |  | |  || |     | || | ||   |  || ||||||||   ||||||||||| ||||| | ||| || |||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||
gtatatttgtaattaatatctattaacagaattttttactttttatattgatgctcccccctcctccaaggaagttatacccttggctttaatgacaagtttaaaggaattgcataatttcgtattttatactgcagGTAAAGGAAAAGTCATCCGTTGGGAAGGTAGTCATTGATGAAATTGCAGAATTCATTCAAGAATCTTATCCAAATAATGAATCAGGGATTGTATATTGCT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacatttgcttgctggatgatctgagtggtagtcatgtagttcctcgtattgcagGTACGCGAAAAGTCATCTGTTGGAAGGGTGGTTATTGATGAAATTGCTGAATATATTCAAGAATCATATCCAAATAATGAATCTGGAATTGTTTATTGCT
 tcctaac  putative branch site (score: 1)
                                        ttcctcgt  putative PPT