1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...atatagcttatactccccatgagggatacaagaagtttcctaacatctttttcaaccacatgacatgttttatgttatattttatctcttgctcttgaagGATCAGGCAAATCCAAGTATTGCCCATAGTACATATCAAAAGCCTCTGAAATCAGTCAGGCCACCGCTAATCCCTACTGAAGATGAGATGGAAAGGCAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0026g00330.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tctttttcaaccacatgacatgttttatgttatattttatctcttgctcttgaagGATCAGGCAAATCCAAGTATTGCCCATAGTACATATCAAAAGCCTCTGAAATCAGTCAGGCCACCGCTAATCCCTACTGAAGATGAGATGGAAAGGCAAG
ttttatctcttgctct CT-rich tract
acatgttttatgttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atatagcttatactccccatgagggatacaagaagtttcctaacatctttttcaaccacatgacatgttttatgttatattttatctcttgctcttgaagGATCAGGCAAATCCAAGTATTGCCCATAGTACATATCAAAAGCCTCTGAAATCAGTCAGGCCACCGCTAATCCCTACTGAAGATGAGATGGAAAGGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - -tccccat
- - - - - - - - - - - - - -acaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcaacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgaca