1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ctcaaaagatggacattggaagtgttgcttttgaattgatcaaagcgatgctatgaactttcatccacatgtttttaatgtacttgttctgcatatgcagGTTGGGGACCTCATGCATATTTTGAGATGTTAGCGGAAAGCCGAAATGGTATTCAGTCCTCAACCACAGGTATTAATCATCTCAGCATGGGCGTAACGGA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0011g04180.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTTCATTTTGTTACTTGCAATTCTTTCCACCCCCTTATGACATAGATG GTTGGGGACCTCATGCATATTTTGAGATGTTAGCGGAAAGCCGAAATGGTAEST: gi|34362451|gb|CF404036.1|CF404036
genomic: TGCTTCATTTTGTTACTTGCAATTCTTTCCACCCCCTTATGACATAGATGgtatgccctt ... gcatatgcagGTTGGGGACCTCATGCATATTTTGAGATGTTAGCGGAAAGCCGAAATGGTA
EST: TGCTTCATTTTGTTACTTGCAGTTCTTTCCACCCCCTTATGACATAGATG GTTGGGGACCTCATGCATATTTTGAGATGTTAGCGGAAAGCCGAAATGGTA
genomic: TGCTTCATTTTGTTACTTGCAATTCTTTCCACCCCCTTATGACATAGATGgtatgccctt ... gcatatgcagGTTGGGGACCTCATGCATATTTTGAGATGTTAGCGGAAAGCCGAAATGGTA
cgatgctatgaactttcatccacatgtttttaatgtacttgttctgcatatgcagGTTGGGGACCTCATGCATATTTTGAGATGTTAGCGGAAAGCCGAAATGGTATTCAGTCCTCAACCACAGGTATTAATCATCTCAGCATGGGCGTAACGGA
ttttaat putative branch site (score: 3)
atgtttttaatgta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctcaaaagatggacattggaagtgttgcttttgaattgatcaaagcgatgctatgaactttcatccacatgtttttaatgtacttgttctgcatatgcagGTTGGGGACCTCATGCATATTTTGAGATGTTAGCGGAAAGCCGAAATGGTATTCAGTCCTCAACCACAGGTATTAATCATCTCAGCATGGGCGTAACGGA
- -aaaagat
- - - - - - - - - - - tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagcga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acatgtt