1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...attttcaagcgtaagtagacctgttgtattctttttgatctttttaccttcatttcacttagtaaattttctggaagtgtaacatgttttaaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAACTTGCCTATGGATGTCCAACGCCTACGCTGTAAAGTCAACTTTCAAGCA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv00s0313g00030.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCCCCGTCTGGCTTTCAACAAEST: gi|161716901|gb|FC068123.1|FC068123
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
EST: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTATGGAATTGEST: gi|110724909|gb|EE101147.1|EE101147
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTG
EST: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTANANAG TTATGGAATTGCTGNCA-TTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAEST: gi|46917634|gb|CN546963.1|CN546963
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTG-CAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACA
EST: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAAEST: gi|161714330|gb|FC062631.1|FC062631
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
EST: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTATGGAATTGCEST: gi|33409871|gb|CF215498.1|CF215498
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGC
EST: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTATGGAATTGCEST: gi|351032719|gb|FQ462433.1|FQ462433
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGC
EST: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTATGGAATTGCTGCAATTGNCCCCATTCTCC-ACCGTCTGGCTTTCAACAEST: gi|30135746|gb|CB921084.1|CB921084
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTG-CCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACA
EST: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAAEST: gi|352782495|gb|FQ470398.1|FQ470398
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
EST: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTATGGAATTGCTGGCA-TTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAEST: gi|352794755|gb|FQ475253.1|FQ475253
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTG-CAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACA
EST: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAAEST: gi|29786039|gb|CB343476.2|CB343476
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAA
EST: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAAEST: gi|352785495|gb|FQ477709.1|FQ477709
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
EST: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTACCGAATTGCTGCCATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTEST: gi|351016529|gb|FQ423956.1|FQ423956
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTT
EST: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAAEST: gi|351018711|gb|FQ425613.1|FQ425613
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
EST: CATGCTTCAGCTAAATGATATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAAEST: gi|351013796|gb|FQ433948.1|FQ433948
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
EST: CATGCTTCAGCTAAGTGGTATCTGGACTATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTATGGGATTGCTGCAATTGEST: gi|352773927|gb|FQ473059.1|FQ473059
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTG
EST: CATGCTTCAACTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
accttcatttcacttagtaaattttctggaagtgtaacatgttttaaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAACTTGCCTATGGATGTCCAACGCCTACGCTGTAAAGTCAACTTTCAAGCA
gtgtaac putative branch site (score: 3)
taacatgttttaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attttcaagcgtaagtagacctgttgtattctttttgatctttttaccttcatttcacttagtaaattttctggaagtgtaacatgttttaaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAACTTGCCTATGGATGTCCAACGCCTACGCTGTAAAGTCAACTTTCAAGCA
- - - - - - - - - -cctgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatgtt