1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...agacagtatgtttaattaattatctataatttgtttttgttaagaaaatgtgtcaagcttgttggagaacttaaaaacttgtttttcttcattgtatcagCGGTACCGGTATACTGAAGCATACCAAGTTGATCGTAAACTTCAGAGTGTGGAGCAGGACTTCATTTCAAAAAGTTCTGTCCAGGAAGAGGTCTTAACCA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv00s0299g00030.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGACCCTTCAACAATTGTTGGAAGTCTTCTTGTTGTTTTCTATCTTCAG CGGTACCGGTATACTGAAGCATACCAAGTTGATCGTAAACTTCAGAGTGTG
genomic: ATGACCCTTCAACAATTGTTGGAAGTCTTCTTGTTGTTTTCTATCTTCAGgtaactgcta ... attgtatcagCGGTACCGGTATACTGAAGCATACCAAGTTGATCGTAAACTTCAGAGTGTG
aaatgtgtcaagcttgttggagaacttaaaaacttgtttttcttcattgtatcagCGGTACCGGTATACTGAAGCATACCAAGTTGATCGTAAACTTCAGAGTGTGGAGCAGGACTTCATTTCAAAAAGTTCTGTCCAGGAAGAGGTCTTAACCA
cttgtttttcttcatt CT-rich tract
ttaaaaacttgttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agacagtatgtttaattaattatctataatttgtttttgttaagaaaatgtgtcaagcttgttggagaacttaaaaacttgtttttcttcattgtatcagCGGTACCGGTATACTGAAGCATACCAAGTTGATCGTAAACTTCAGAGTGTGGAGCAGGACTTCATTTCAAAAAGTTCTGTCCAGGAAGAGGTCTTAACCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- -cagtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcaagct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggagaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttaaaaa