Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgttctcttcttttcaaataaaaataatgtgcatctttttatgagcaatgaagttggagcccttacctgctctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTCTAATGGTTCAGTACTGGATGTTCCCCAAGCACGCTCCTCTTATTCCTGC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0233g00060.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30128378|gb|CB913717.1|CB913717
EST:     CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAG                         GCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
genomic: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAGgtatgtgttc ... ctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
EST: gi|110691846|gb|EE070412.1|EE070412
EST:     CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAG                         GCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
genomic: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAGgtatgtgttc ... ctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
EST: gi|110393316|gb|EC958469.1|EC958469
EST:     TTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAG                         GCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
genomic: TTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAGgtatgtgttc ... ctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
EST: gi|110426428|gb|EC992837.1|EC992837
EST:     CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAG                         GCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
genomic: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAGgtatgtgttc ... ctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
EST: gi|110413417|gb|EC979202.1|EC979202
EST:     CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAG                         GCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
genomic: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAGgtatgtgttc ... ctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC
EST: gi|110372425|gb|EC936588.1|EC936588
EST:     CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGCGATGGTGATGGCCAAAG                         GCACTTAAATGCTTCAATGAAGAATAATGAAACAGATAGTACATTGGGTTC
genomic: CAAGATGGTTTATTTGCTTTTGACTTGCATAGTGATGGTGATGGCCAAAGgtatgtgttc ... ctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtgcatctttttatgagcaatgaagttggagcccttacctgctctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTCTAATGGTTCAGTACTGGATGTTCCCCAAGCACGCTCCTCTTATTCCTGC
                                 cccttac  putative branch site (score: 3)
                                 cccttacctgctcttt  CT-rich tract
      atctttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtgttctcttcttttcaaataaaaataatgtgcatctttttatgagcaatgaagttggagcccttacctgctctttatgcagGCACTTAAATGCTTCGATGAAGAATAATGAAACAGACAGTACATTGGGTTCTAATGGTTCAGTACTGGATGTTCCCCAAGCACGCTCCTCTTATTCCTGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC