1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...aagggagggtgatgaaaagatcccacagtgattaattgttttggaactactttatgaatatttatatcaccctttaatggtggtcatttgtttcttttagAGGTCAGTAATCAAATGTTGGAGCTCTACGAACAAAATCGAGTGCCACCTTCTCAAGGCAGTGAAGTTGAAGGAAGTGTTGGAGGTGGGGCTGCTCATCG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0027g01670.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
actactttatgaatatttatatcaccctttaatggtggtcatttgtttcttttagAGGTCAGTAATCAAATGTTGGAGCTCTACGAACAAAATCGAGTGCCACCTTCTCAAGGCAGTGAAGTTGAAGGAAGTGTTGGAGGTGGGGCTGCTCATCG
ctttaat putative branch site (score: 4)
tcatttgtttctttt putative PPT
tttatgaatatttata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagggagggtgatgaaaagatcccacagtgattaattgttttggaactactttatgaatatttatatcaccctttaatggtggtcatttgtttcttttagAGGTCAGTAATCAAATGTTGGAGCTCTACGAACAAAATCGAGTGCCACCTTCTCAAGGCAGTGAAGTTGAAGGAAGTGTTGGAGGTGGGGCTGCTCATCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- gggaggg
- - - - - - -gaaaaga
- - - - - - - - - - tcccaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtggt