Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacatgatcatctttttcttttgactttttgtagatggtctatgtcatgccttacattttttgtttgttgagttgtcaatttgctgtgtttgctttccctgcgctctctgcctgtgcttaatgatgattatactcctttaacacactttgacaatattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTTTATGTTGGCTGCCTGTGCACTTTTCTCAAAAACTTGGATTGAAGTATCT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0014g01020.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351031923|gb|FQ460180.1|FQ460180
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCGCCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCGGCCAATCCTTTCCATG-TCCTCTTCTATCTAATCT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTC-TATTCTATCTAATCT
EST: gi|33410560|gb|CF216187.1|CF216187
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|71867271|gb|DT016326.1|DT016326
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|110686843|gb|EE063731.1|EE063731
EST:     TAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: TAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|22010959|gb|BQ795993.1|BQ795993
EST:     GCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: GCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|161713522|gb|FC064063.1|FC064063
EST:     AATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCCATCA-G                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTC-ATGCTCTAT-CTATCTA-TCT
genomic: AATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACC-ATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCT
EST: gi|351019144|gb|FQ429304.1|FQ429304
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCGGCCAATCCTTTCCATGCCCTCTTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|351047982|gb|FQ441154.1|FQ441154
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCGGCCAATCCTTTCCATGCCCTCTTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|77577442|gb|DV217453.1|DV217453
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|156738579|gb|EV242700.1|EV242700
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|110717573|gb|EE093550.1|EE093550
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|110729814|gb|EE106178.1|EE106178
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|110403185|gb|EC964476.1|EC964476
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|30129932|gb|CB915271.1|CB915271
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCGGCCAATCCTTTCCATGCCCTTTTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|351035066|gb|FQ458423.1|FQ458423
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCGGCCAATCCTTTCCATGCCCTCTTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|110414122|gb|EC979948.1|EC979948
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|71865798|gb|DT014853.1|DT014853
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|351054782|gb|FQ462812.1|FQ462812
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCGCCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCGGCCAATCCTTTCCATGCCCTCTTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|351048096|gb|FQ442066.1|FQ442066
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCGGCCAATCCTTTCCATGCCCTCTTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|161714004|gb|FC063189.1|FC063189
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|351024256|gb|FQ423679.1|FQ423679
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCGGCCAATCCTTTCCATGCCCTCTTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|110687837|gb|EE065701.1|EE065701
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|33403746|gb|CF209373.1|CF209373
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGAAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|110361033|gb|EC924484.1|EC924484
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|33403829|gb|CF209456.1|CF209456
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|71868913|gb|DT017968.1|DT017968
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|351023126|gb|FQ432509.1|FQ432509
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCGGCCAATCCTTTCCATGCCCTCTTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|71867001|gb|DT016056.1|DT016056
EST:     ACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
genomic: ACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|30136336|gb|CB921674.1|CB921674
EST:     ATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCGGCCAATCCTTTCCATGCCCTCTTCTATCTAATCTT
genomic: ATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT
EST: gi|351029515|gb|FQ436909.1|FQ436909
EST:     CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAG                         CTTGGCTGATATGGCGGCCAATCCTTTCCATGCCCTCTTCTATCTAATCTT
genomic: CAATACATCCCTGTTGGTGGTCTTGCTTATTATATAACTGCACCATCAAGgtaacatgat ... tattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcctgtgcttaatgatgattatactcctttaacacactttgacaatattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTTTATGTTGGCTGCCTGTGCACTTTTCTCAAAAACTTGGATTGAAGTATCT
        ttaatgatgattata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaacatgatcatctttttcttttgactttttgtagatggtctatgtcatgccttacattttttgtttgttgagttgtcaatttgctgtgtttgctttccctgcgctctctgcctgtgcttaatgatgattatactcctttaacacactttgacaatattttgcagCTTGGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTATTCTATCTAATCTTTATGTTGGCTGCCTGTGCACTTTTCTCAAAAACTTGGATTGAAGTATCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG