1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tttcaatttataatgctagtatcctcaagaaaaattttgatatgttttccaccaaaatagagtttcttatgatgctaccttgtataattggttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATATTTTGCGTTGGTTCATCCCAAGAATTGGTTTTGCTGTATACCTTCCTC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv18s0041g01900.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|71869083|gb|DT018138.1|DT018138
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCTACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|37185035|gb|CF604388.1|CF604388
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|110686647|gb|EE064527.1|EE064527
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCTACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|161718004|gb|FC068544.1|FC068544
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCTACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCATTEST: gi|161715176|gb|FC064854.1|FC064854
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCTACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|77582584|gb|DV220275.1|DV220275
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCTACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|110729986|gb|EE106550.1|EE106550
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCTACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|110393931|gb|EC959520.1|EC959520
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCTACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|161710388|gb|FC059006.1|FC059006
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCTACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|110728722|gb|EE104537.1|EE104537
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|110731114|gb|EE108966.1|EE108966
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|37185021|gb|CF604374.1|CF604374
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|110724393|gb|EE100182.1|EE100182
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|110699668|gb|EE076870.1|EE076870
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|71890428|gb|DT039483.1|DT039483
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCTACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|161710113|gb|FC059798.1|FC059798
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCTACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|110689672|gb|EE066099.1|EE066099
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCTACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGATGCCAATEST: gi|71872955|gb|DT022010.1|DT022010
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCTACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATEST: gi|161720342|gb|FC071195.1|FC071195
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
EST: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCTACCTTGATTGAATAT GCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAATCCTCTTTATGGCTCCACCTTGATTGAATATgtaaggcatc ... gttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAAT
tttccaccaaaatagagtttcttatgatgctaccttgtataattggttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATATTTTGCGTTGGTTCATCCCAAGAATTGGTTTTGCTGTATACCTTCCTC
ttgtataatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcaatttataatgctagtatcctcaagaaaaattttgatatgttttccaccaaaatagagtttcttatgatgctaccttgtataattggttttggcagGCTCATATTGAGCAATGGATTGATTTTGGATCATTGGAGATTGACGCCAATATTTTGCGTTGGTTCATCCCAAGAATTGGTTTTGCTGTATACCTTCCTC
- - - - - - atgctag
- - - - - - - - - - - - - aagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaataga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgctac