1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tgtcttctcatttaagtttttgaattttttaaatagagaaaaagggaatctccattctcaggattatgaactgattggatttgtgcttgggttttattagGTTGACTTGGTCGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGGGTGGAGAATGTGATCATGGAGGAAGGAAATGCAACAATTCTCACCCTTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv17s0000g02280.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGCTCTTACGAGCTTGTGGATACGAAAGAACTATGCCAGCAGTTTCCTA GTTGACTTGGTCGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGGEST: gi|110378525|gb|EC943662.1|EC943662
genomic: TGGCTCTTACGAGCTTGTGGATACGAAAGAACTATGCCAGCAGTTTCCTAgtatgtttct ... gttttattagGTTGACTTGGTCGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGG
EST: TGGCTCTTACGAGCTTGTGGATACGAAAGAACTATGCCAGCAGTTTCCTA GTTGACTTGGTCGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGGEST: gi|110385166|gb|EC949664.1|EC949664
genomic: TGGCTCTTACGAGCTTGTGGATACGAAAGAACTATGCCAGCAGTTTCCTAgtatgtttct ... gttttattagGTTGACTTGGTCGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGG
EST: TGGCTCTTACGAGCTTGTGGATACGAAAGAACTATGCCAGCAGTTTCCTA GTTGACTTGGTCGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGGEST: gi|30305050|gb|CB981844.1|CB981844
genomic: TGGCTCTTACGAGCTTGTGGATACGAAAGAACTATGCCAGCAGTTTCCTAgtatgtttct ... gttttattagGTTGACTTGGTCGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGG
EST: TACGAGCTTGTGGATACGAAAGAACTATGCCAGCAGTTTCCTA GTTGACTTGGTCGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGGEST: gi|110371973|gb|EC936112.1|EC936112
genomic: TACGAGCTTGTGGATACGAAAGAACTATGCCAGCAGTTTCCTAgtatgtttct ... gttttattagGTTGACTTGGTCGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGG
EST: TGGCTCTTACGAGCTTGTGGATACGAAAGAACTATGCCAGCAGTTTCCTA GTTGACTTGGTCGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGGEST: gi|110400305|gb|EC966863.1|EC966863
genomic: TGGCTCTTACGAGCTTGTGGATACGAAAGAACTATGCCAGCAGTTTCCTAgtatgtttct ... gttttattagGTTGACTTGGTCGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGG
EST: TGGCTCTTACGAGCTTGTGGATACGAAAGAACTATGCCAGCAGTTTCCTA GTTGACTTGGTTGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGG
genomic: TGGCTCTTACGAGCTTGTGGATACGAAAGAACTATGCCAGCAGTTTCCTAgtatgtttct ... gttttattagGTTGACTTGGTCGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGG
gaatctccattctcaggattatgaactgattggatttgtgcttgggttttattagGTTGACTTGGTCGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGGGTGGAGAATGTGATCATGGAGGAAGGAAATGCAACAATTCTCACCCTTT
aactgat putative branch site (score: 3)
ttttatt putative PPT
ttttatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtcttctcatttaagtttttgaattttttaaatagagaaaaagggaatctccattctcaggattatgaactgattggatttgtgcttgggttttattagGTTGACTTGGTCGATTCACTGCCTGAAGTCTATCCAAAAGTGGAAGCATGGGTGGAGAATGTGATCATGGAGGAAGGAAATGCAACAATTCTCACCCTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- -cttctca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - agaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgattgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgcttg