Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attggcatgtgtagttaaaatggctattgtgaaattttccttctttcaagacaatttggctacagtgtaagtaaatgattgtttattttgtttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTCCTTAAGACACTGATTATGAAGACCCTTCAAGAAAGAGAAGAATCAGCTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0048g02830.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0048g02830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os04g48790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
attggcatgtgtagttaaaatggctattgtgaaattttccttctttcaagacaatttggctacagtgtaagtaaatgattgtttattttgtttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTCCTTAAGACACTGATTATGAAGACCCTTCAAGAAAGAGAAGAATCAGCTG
          ||| |  |||   || | |      ||   |  ||  || |  ||     |||| |       |||| ||||||           | |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| || || || ||||| ||||| |||||| ||||  |||||||  |  | |||||||| | | | |   
----------gtattagaaacaactctgga-----ttctttcgttagaaaagcatacacatacactaacctgcaatgtttgttt-----------tccagATGGCCGATCCATTGACTGCCCTGATACATGCAGTTCAGGTCATGAATTTCCTCAAGACATTGATCTTGAAGACTTTAAAGGAAAGAGAGGCAGCCGGAA

upper sequence: Vv15s0048g02830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os02g45600.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
attggcatgtgtagttaaaatggctattgtgaaattttccttctttcaagacaatttggctacagtgtaagtaaatgatt--gtttattttgtttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTCCTTAAGACACTGATTATGAAGACCCTTCAAGAAAGAGAAGAATCAGCTG
 ||    |    | |  |  ||||| |  | |  ||||| | || || | | |||||| |||      |    ||| ||      ||   | | |  || ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| || || |||||||| ||  |||||||  |  | | | | |||||| ||||| 
gttattct-caaaatctatttggctttatttattttttcttgctatctacagaatttg-ctatttcacagactaatcatgtaacataccatctcttttatagATGGCCGATCCCTTGACTGCTTTGATACATGCAGTTCAAGTGATGAATTTTCTCAAGACACTTATCTTGAAGACTGTGAAGGGACGGGAAGAAACAGCTA

upper sequence: Vv15s0048g02830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G114192_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
----attggcatgtgtagttaaaatggctattgtgaaattttccttctttcaagacaatttggctacagtgtaagtaaatgattgtttattttgtttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTCCTTAAGACACTGATTATGAAGACCCTTCAAGAAAGAGAAGAATCAGCTG
    | || || | ||  |||  ||| ||    | | ||| | |    ||||    | | |  |||||   || |  |||  | ||  ||||   ||    |||||||||||||| || |||||| |||| |||||||| || || ||||| ||||| |||||  | ||  ||||||| ||  | ||| || |  ||   | ||
gttaactgacacgcgtc-ttactatgtct----tcagattatacaaggttca---tattatacctaca-catacgctaatcctggtgcatttctcttc---cagATGGCCGATCCGTTAACTGCCCTGATACATGCGGTTCAGGTGATGAATTTCCTCAAGACCTTAATCTTGAAGACTCTAAAGGAACGAAACAAAAAGGATG

upper sequence: Vv15s0048g02830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA19G44820.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
attggcatgtgtagttaaaatggctattgtgaaatttt--ccttctttcaagacaatttggctacagtgtaagtaaatgattgtttattttgtttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTCCTTAAGACACTGATTATGAAGACCCTTCAAGAAAGAGAAGAATCAGCTG
 |||       |  ||||  |     |  |   | |    || | || || |  | ||  ||||  |  ||  |||||| ||| ||    | |   || |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||  ||
-ttgtatcacatttttaactttttcttcctaccagtgaggcccttttacatgttatttatgctagtggatatttaaatggttgctt-cactatgctatgcagATGGCGGACCCTTTGACTGCATTGATTCATGCAGTGCAAGTCATGAACTTCCTCAAGACATTGATTCTGAAGACCCTTCGAGAAAGAGATGAATCAATTG

upper sequence: Vv15s0048g02830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA03G42090.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-----attggcatgtgtagttaaaatggctattgtgaaattttccttctttcaagacaatttggctacagtgtaagtaaatgattgttt-attttgtttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTCCTTAAGACACTGATTATGAAGACCCTTCAAGAAAGAGAAGAATCAGCTG
          |  |||  |     ||  || || || |        |   | | |  | |  || |   |  ||  |||||| |||||| ||| || ||  | |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||  |||||  ||
tttcttcctaccagtgaggcccgtataactgtt-tgtatgcacatgttacttatgctagt--ggatgtgg-atatttaaatgtttgtttcattgtgctt--tgcagATGGCGGACCCTTTGACTGCATTGATTCATGCAGTGCAAGTGATGAACTTTCTCAAGACATTGATTCTGAAGACCCTTCGAGAAAGAGATAAATCAATTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349827287|gb|FQ421560.1|FQ421560
EST:     AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAG                         ATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
genomic: AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAGgttgcttaac ... tttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
EST: gi|349818738|gb|FQ409272.1|FQ409272
EST:     AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAG                         ATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
genomic: AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAGgttgcttaac ... tttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
EST: gi|349813829|gb|FQ414063.1|FQ414063
EST:     AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAG                         ATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
genomic: AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAGgttgcttaac ... tttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
EST: gi|352786649|gb|FQ479856.1|FQ479856
EST:     AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAG                         ATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
genomic: AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAGgttgcttaac ... tttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
EST: gi|351055937|gb|FQ453398.1|FQ453398
EST:     AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAG                         ATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
genomic: AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAGgttgcttaac ... tttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
EST: gi|349815160|gb|FQ410383.1|FQ410383
EST:     AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAG                         ATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
genomic: AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAGgttgcttaac ... tttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
EST: gi|351044711|gb|FQ443242.1|FQ443242
EST:     AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAG                         ATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
genomic: AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAGgttgcttaac ... tttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
EST: gi|349821690|gb|FQ413006.1|FQ413006
EST:     AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAG                         ATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
genomic: AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAGgttgcttaac ... tttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
EST: gi|351018882|gb|FQ425784.1|FQ425784
EST:     AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAG                         ATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
genomic: AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAGgttgcttaac ... tttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
EST: gi|349816176|gb|FQ403672.1|FQ403672
EST:     AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAG                         ATGGCCAATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
genomic: AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAGgttgcttaac ... tttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
EST: gi|349821932|gb|FQ413103.1|FQ413103
EST:     AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAG                         ATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
genomic: AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAGgttgcttaac ... tttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
EST: gi|351056085|gb|FQ453546.1|FQ453546
EST:     AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAG                         ATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
genomic: AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAGgttgcttaac ... tttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
EST: gi|349810311|gb|FQ401757.1|FQ401757
EST:     AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAG                         ATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC
genomic: AGATGAATGCACGCAACATTGCAATGGTTTTTGCACCTAACATGACTCAGgttgcttaac ... tttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaagacaatttggctacagtgtaagtaaatgattgtttattttgtttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTCCTTAAGACACTGATTATGAAGACCCTTCAAGAAAGAGAAGAATCAGCTG
                                            gtttgat  putative branch site (score: 5)
                                        ttttgttt  CT-rich tract
                      taagtaaatgattgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attggcatgtgtagttaaaatggctattgtgaaattttccttctttcaagacaatttggctacagtgtaagtaaatgattgtttattttgtttgatacagATGGCCGATCCTTTGACTGCCTTGATTCATGCGGTGCAAGTTATGAACTTCCTTAAGACACTGATTATGAAGACCCTTCAAGAAAGAGAAGAATCAGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - -catgtgt
- - - - - - - - - aatggct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagtaaa