Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaactttgaagttgtgtattaagtatcttaatttggttgcaaggcaactgttgcattgctggatttatactgtaattacatttccttcttgtgcctacctttatttcatttatattgtaatttcatttagtattattttccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGTGATATCAAGCCTCAGAATTTATTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0048g02010.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0048g02010.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: EFJ10962 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtgaactttgaagttgtgtattaagtatcttaatttggttgcaaggcaactgttgcattgctggatttatactgtaattacatttccttcttgtgcctacctttatttcatttatattgtaatttcatttagtattattttccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGTGATATCAAGCCTCAGAATTTATTG
                                                                                           |  || | |     ||||   | ||        | ||  | |    |||    || | |||| |||||  | ||    ||||| ||| | |  ||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||
------------------------------------------------------------------------------------------gtaagcttgcaagcgtttc---tttaccacttccttatccattcccgtttcttcttcgtagATATGCCGATCTCTCGCTTACATCCACGGCGGGATTGGGGTCTGCCACCGTGATATCAAGCCACAAAATTTATTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349820373|gb|FQ403989.1|FQ403989
EST:     GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAG                         ATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
genomic: GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAGgtgaactttg ... ccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
EST: gi|349829752|gb|FQ421270.1|FQ421270
EST:     GGATGAACCAGCACATGCCCCTTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAA                         ATCTGCCGTGCGCTTAA
genomic: GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAGgtgaactttg ... ccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAA
EST: gi|349828504|gb|FQ417246.1|FQ417246
EST:     GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAG                         ATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
genomic: GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAGgtgaactttg ... ccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
EST: gi|110688693|gb|EE067533.1|EE067533
EST:     GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAG                         ATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
genomic: GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAGgtgaactttg ... ccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
EST: gi|351029954|gb|FQ430696.1|FQ430696
EST:     GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAG                         ATCTGCCGTGCGCTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
genomic: GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAGgtgaactttg ... ccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
EST: gi|349823414|gb|FQ423225.1|FQ423225
EST:     GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAG                         ATCTGCCGTGGACTTAACTACATGC
genomic: GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAGgtgaactttg ... ccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATGC
EST: gi|32249937|gb|CD715756.1|CD715756
EST:     GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAG                         ATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
genomic: GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAGgtgaactttg ... ccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
EST: gi|161713339|gb|FC063356.1|FC063356
EST:     GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAG                         ATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
genomic: GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAGgtgaactttg ... ccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
EST: gi|351027217|gb|FQ444466.1|FQ444466
EST:     GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAG                         ATCTGCCGTGCGCTTAACTACATGGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTC
genomic: GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAGgtgaactttg ... ccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATG-CACAGTGTTATTGGGGTCTGTC
EST: gi|351026191|gb|FQ428203.1|FQ428203
EST:     GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAG                         ATCTGCCGTGCGCTTTACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
genomic: GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAGgtgaactttg ... ccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
EST: gi|71856597|gb|DT005652.1|DT005652
EST:     GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAG                         ATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
genomic: GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAGgtgaactttg ... ccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
EST: gi|110732276|gb|EE107431.1|EE107431
EST:     GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAG                         ATCTGCCGTGCGCTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
genomic: GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAGgtgaactttg ... ccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
EST: gi|27579903|gb|CB002598.1|CB002598
EST:     GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAG                         ATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT
genomic: GGATGAACCAGCACATGCCCATTATATATGTGCAACTGTATGCATACCAGgtgaactttg ... ccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctacctttatttcatttatattgtaatttcatttagtattattttccttttgcagATCTGCCGTGCACTTAACTACATGCACAGTGTTATTGGGGTCTGTCATCGTGATATCAAGCCTCAGAATTTATTG
                                    tattattttcctttt  CT-rich tract
     tttatttcatttatat  TA-rich tract