Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caaaatttataataagtattcaactatttttcttgttcttgatatggttatcaattttgttttcttttttcattaatcaacctatgtttatctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAAGATCGCCTTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0046g03670.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0046g03670.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA07G08110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
caaaatttataataagtattcaactatttttcttgttcttgatatggttatcaattttgttttcttttttcattaatcaacctatgtttatct--ctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAAGATCGCCTTT
   ||| |  |||||    |  | ||  |||||| |  ||||        |  ||   |  | | || || | | |        ||||| ||   |||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||| |||| | | || |||||||||||||
--taatgtggaataatgtgttgattagatttcttttgtttgactactaacttgataaaggctcccttgttaactcacagtgtgttgtttttccaactggcagATACTTCCAGTTATGCTGGATGTTGGTACCAACAATCAAAAGTTACTTGAAGATCGCCTTT

upper sequence: Vv15s0046g03670.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA09G39870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
caaaatttataataagtattcaactatttttcttgtt-cttgatatggttatcaattttgttttcttttttcattaatcaacctatgtttatctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAAGATCGCCTTT
  ||   |||  ||| | |       ||||   ||   |||  ||  | ||  || | || |||   || | |          | | |  |  | |  |||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||| |||||
tgaataatattttaattttcttttctttttaactgcaactttgtagtgctagtaactctggtttaacttat-acagtatgttgtttttccaattgtttcagATACTTCCAGTTATGTTAGATGTTGGCACAAACAATCAAAAGCTACTCGAAGATCCCCTTT

upper sequence: Vv15s0046g03670.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA03G01680.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
caaaatttataataagtattcaactatttttcttgttcttgatatggttatcaattttgttttcttttttcattaatcaacc--tatgtttatctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAAGATCGCCTTT
   ||  |  |||||       | ||  |||||| |  || |        |  ||   |  |   || || | | | ||     | | ||| |  ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||| | | || |||||||| ||||
--taacgtggaataatacgcttattagatttcttctgtttaactactaacttgataaaggctctcttattaactcaccatgtgttgtatttctaactgacagATACTTCCAGTTATGCTGGATGTTGGCACCAACAATCAAAAGTTACTTGAAGATCGTCTTT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110711032|gb|EE087769.1|EE087769
EST:     GGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGGTATCA-TCCACAGAAGA                         -TACTTCCAATTATGCTTGATGGNTGGCACTAACA-CCAAAG-CTTCTCG
genomic: GGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGG-TATCAATCCACAGA-GAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGT-TGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCG
EST: gi|110685703|gb|EE062665.1|EE062665
EST:     NNNGAA-CT-GATATGTATGNTGCTGCTGCTGGTNATCA-TC-ACAGAGA                         ATACTTCCAAT-ATGCTTGAT
genomic: G--GAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGT-ATCAATCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGAT
EST: gi|110711784|gb|EE088657.1|EE088657
EST:     TTGGGAAACTTGATATGTAAGTTGCTGCTGCTGGTATCCATCC-CAAAGA                         AAACTTCCA-TTAAGCTTGATGTTGGCCAC-AACAACCAA-GGCTTCTCGA
genomic: TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGC-ACTAACAACCAAAGGCTTCTCGA
EST: gi|110710958|gb|EE087607.1|EE087607
EST:     TTGGGAA-CTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCA-TCC-CAGAAA                         ATACTTTCCATTT-TGCTTGATGTTGGCACCTAACAACAAAAGCCTTCTC-
genomic: TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTT-CCAATTATGCTTGATGTTGGCAC-TAACAACCAAAGGCTTCTCG
EST: gi|110698263|gb|EE075598.1|EE075598
EST:     TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGA                         ATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAA
genomic: TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAA
EST: gi|110711356|gb|EE087746.1|EE087746
EST:     TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCA-TCCACAGAGA                         -TACTTC-AATTATGCTTGATGTTGGCACTA-CAAC-AAAGGCTTCTCGAA
genomic: TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAA
EST: gi|110699671|gb|EE076873.1|EE076873
EST:     TTGGGAAACT-GATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGA                         AT-CTTCCAATTATGCTTGATGTTGG-ACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAA
genomic: TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAA
EST: gi|110719431|gb|EE094555.1|EE094555
EST:     GGGAAACCTGAAATGTATGTTGCTGCTGCGTGGTA-CAAATCCACAGAGA                         ATACTTCCA-TTAGGCTT
genomic: GGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGC-TGGTATCAA-TCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTT
EST: gi|110712870|gb|EE088292.1|EE088292
EST:     TTGGGGAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATC-ACAGAGA                         ATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACCACCAAAGGCTTCTCGAA
genomic: TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggttatcaattttgttttcttttttcattaatcaacctatgtttatctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAAGATCGCCTTT
                         cattaat  putative branch site (score: 3)
                                         tttatctct  putative PPT
       aattttgttttctttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
caaaatttataataagtattcaactatttttcttgttcttgatatggttatcaattttgttttcttttttcattaatcaacctatgtttatctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAAGATCGCCTTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CGAAGA
caaaatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atcaacc