1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...atatcatcgctttgcatgacaaaatgtgcatgtttccctttttggtttatgacatattgaaaattgaacatgggtataacaagttcttttttcccaacagATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCGTGCAAGCTGGCCCTCTTGGAAATGTACAGTCAGAGCTACTCTTTCGGAAGGA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0083g01160.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAA ATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCEST: gi|32269012|gb|CD718171.1|CD718171
genomic: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAAgtaagtttta ... ttcccaacagATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTC
EST: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAA ATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCATGCEST: gi|30127202|gb|CB912541.1|CB912541
genomic: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAAgtaagtttta ... ttcccaacagATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCGTGC
EST: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAA ATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCATGCEST: gi|30128277|gb|CB913616.1|CB913616
genomic: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAAgtaagtttta ... ttcccaacagATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCGTGC
EST: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAA ATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCATGC
genomic: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAAgtaagtttta ... ttcccaacagATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCGTGC
tttatgacatattgaaaattgaacatgggtataacaagttcttttttcccaacagATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCGTGCAAGCTGGCCCTCTTGGAAATGTACAGTCAGAGCTACTCTTTCGGAAGGA
gtataac putative branch site (score: 3)
ttcttttttcccaac putative PPT
atattgaaaattgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atatcatcgctttgcatgacaaaatgtgcatgtttccctttttggtttatgacatattgaaaattgaacatgggtataacaagttcttttttcccaacagATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCGTGCAAGCTGGCCCTCTTGGAAATGTACAGTCAGAGCTACTCTTTCGGAAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - -gcatgac
- - - - - - - - - - aaaatgt
- - - - - - - - - - - - - -gcatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ccctttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ataacaa