1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tctttaatattcatgatgtagcaaagctccctagaaatataaatataccatcttttccttattgtcagtggatttaggaaatgtttcacaaaatttgcagGTGGATATGACTGCTTTGAAGCAGATGGGGGACAATGACCTTAAAGAGATGGGAATTCCAATG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0066g01890.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCATTCACTTGGTTTGGAGAAATATGTCATTAATTTTCAAGCTGAGGAG GTGGATATGACTGCTTTGAAGCAGATGGGGGACAATGACCTTAAAGAGATGEST: gi|33404686|gb|CF210313.1|CF210313
genomic: TGCATTCACTTGGTTTGGAGAAATATGTCATTAATTTTCAAGCTGAGGAGgtaagtaatt ... aaatttgcagGTGGATATGACTGCTTTGAAGCAGATGGGGGACAATGACCTTAAAGAGATG
EST: TGCATTCACTTGGTTTGGAGAAATATGTCATTAATTTTCAAGCTGGGGAG GTGGATATGACTGCTTTGAAGCAGATGGGGGACAATGACCTTAAAGAGATGEST: gi|351024263|gb|FQ423686.1|FQ423686
genomic: TGCATTCACTTGGTTTGGAGAAATATGTCATTAATTTTCAAGCTGAGGAGgtaagtaatt ... aaatttgcagGTGGATATGACTGCTTTGAAGCAGATGGGGGACAATGACCTTAAAGAGATG
EST: TGCATTCACTTGGTTTGGAGAAATATGTCATTAATTTTCAAGCTGAGGAG GTGGATATGACTGCTTTGAAGCAGATGGGGGACAATGACCTTAAAGAGATGEST: gi|351024199|gb|FQ423622.1|FQ423622
genomic: TGCATTCACTTGGTTTGGAGAAATATGTCATTAATTTTCAAGCTGAGGAGgtaagtaatt ... aaatttgcagGTGGATATGACTGCTTTGAAGCAGATGGGGGACAATGACCTTAAAGAGATG
EST: TGCATTCACTTGGTTTGGAGAAATATGTCATTAATTTTCAAGCTGAGGAG GTGGATATGACTGCTTTGAAGCACATGGGGGACAATGACCTTAAAGAGATGEST: gi|110717351|gb|EE093132.1|EE093132
genomic: TGCATTCACTTGGTTTGGAGAAATATGTCATTAATTTTCAAGCTGAGGAGgtaagtaatt ... aaatttgcagGTGGATATGACTGCTTTGAAGCAGATGGGGGACAATGACCTTAAAGAGATG
EST: TGCATTCACTTGGTTTGGAGAAATATGTCATTAATTTTCAAGCTGAGGAG GTGGATATGACTGCTTTGAAGCAGATGGGGGACAATGACCTTAAAGAGATG
genomic: TGCATTCACTTGGTTTGGAGAAATATGTCATTAATTTTCAAGCTGAGGAGgtaagtaatt ... aaatttgcagGTGGATATGACTGCTTTGAAGCAGATGGGGGACAATGACCTTAAAGAGATG
taccatcttttccttattgtcagtggatttaggaaatgtttcacaaaatttgcagGTGGATATGACTGCTTTGAAGCAGATGGGGGACAATGACCTTAAAGAGATGGGAATTCCAATG
acaaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctttaatattcatgatgtagcaaagctccctagaaatataaatataccatcttttccttattgtcagtggatttaggaaatgtttcacaaaatttgcagGTGGATATGACTGCTTTGAAGCAGATGGGGGACAATGACCTTAAAGAGATGGGAATTCCAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - -catgatg
- - - - - - - - - - - - - ctcccta
- - - - - - - - - - - - - - - - - aaatata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aggaaat