1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gaatttttagacccttgcttttttgcaagcaattacaatgatgcagtctgtcttctgagattgtgaacctgaaattgcatgggatgctttatttgttcagGACTTCAGTGGGAGAGTTAAAGGTTTAAAAGTGGATGCAGTGGACACCACAGGCGCTGGGGATGCTTTTGTTGCTGGAATATTATCACAACTAGCTGCTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0006g01410.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATTGCTTCTTGTCACTGAGGGCCCTGATGGTTGCAGGTATTACACAAAG GACTTCAGTGGGAGAGTTAAAGGTTTAAAAGTGGATGCAGTGGACACCACA
genomic: AATTGCTTCTTGTCACTGAGGGCCCTGATGGTTGCAGGTATTACACAAAGgcaagtctcc ... atttgttcagGACTTCAGTGGGAGAGTTAAAGGTTTAAAAGTGGATGCAGTGGACACCACA
gtctgtcttctgagattgtgaacctgaaattgcatgggatgctttatttgttcagGACTTCAGTGGGAGAGTTAAAGGTTTAAAAGTGGATGCAGTGGACACCACAGGCGCTGGGGATGCTTTTGTTGCTGGAATATTATCACAACTAGCTGCTG
ctttattt CT-rich tract
tttatttgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaatttttagacccttgcttttttgcaagcaattacaatgatgcagtctgtcttctgagattgtgaacctgaaattgcatgggatgctttatttgttcagGACTTCAGTGGGAGAGTTAAAGGTTTAAAAGTGGATGCAGTGGACACCACAGGCGCTGGGGATGCTTTTGTTGCTGGAATATTATCACAACTAGCTGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - -cccttgc
- - - - - - - - - - - - gcaagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acctgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggatgct