1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ctaatgccaaaaccaaattgacaagacttggcaccagtaccggtaaggttagcctgcctgagcaagaagagatgaagcttgatgatgagttctttgcaagTTCTATGAGAGACTAGTAGGAGGACACATAGCTCATATGGAAGAGTATCTTGCAAATCCAGCTGAGACCATGTCAGCTCTGAAGTCATTAAAAGAACAAT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0064g00610.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aggttagcctgcctgagcaagaagagatgaagcttgatgatgagttctttgcaagTTCTATGAGAGACTAGTAGGAGGACACATAGCTCATATGGAAGAGTATCTTGCAAATCCAGCTGAGACCATGTCAGCTCTGAAGTCATTAAAAGAACAAT
gcttgat putative branch site (score: 5)
ttctttgc putative PPT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctaatgccaaaaccaaattgacaagacttggcaccagtaccggtaaggttagcctgcctgagcaagaagagatgaagcttgatgatgagttctttgcaagTTCTATGAGAGACTAGTAGGAGGACACATAGCTCATATGGAAGAGTATCTTGCAAATCCAGCTGAGACCATGTCAGCTCTGAAGTCATTAAAAGAACAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
ctaatgc
- - - -caaaacc
- - - - - - - aaattga
- - - - - - - - - - - - - - -ggcacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgaagct