Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatgtattttgggctcacattgtaatgacattatgggaactggaaaaaaacaaaatgagaatttgacttcatgtagtttgtagttttatggttgttccacaatttggatgaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGAGCTGTTGCTAAAAAAATACTCAAAAATTTTTCTGGAACTGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0019g04190.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0019g04190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA20G31980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtaatgtattttgggctcacattgtaatgacattatgggaactggaaaaaaacaaaatgagaatttgacttcatgtagtttgtagttttatggttgttccacaatttggatg----aaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGAGCTGTTGCTAAAAAAATACTCAAAAATTTTTCTGGAACTGAG
                               | || |     |      ||  |   | | | ||| | |  ||||  | ||||  | |||  |  |   |||  ||   |     |   |  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||  |||| ||||||||||| ||||| || ||| | |||||||||||||||
-----------------------------gtactaagtttttttagtgtaatgagtctaacatttttattcaatgtgatatgtatatgtattatgctcatacatcttcattttcttatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGTGCTGTTGCTAAGAAAATCCTTAAAGAATTTTCTGGAACTGAG

upper sequence: Vv13s0019g04190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA10G35560.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtaatgtattttgggctcacattgtaatgacattatgggaactggaaaaaaacaaaatgagaatttgacttcatgtagtttgta---gttttatggttgttc-cacaatttggatgaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGAGCTGTTGCTAAAAAAATACTCAAAAATTTTTCTGGAACTGAG
                       ||| |||  || |  |   || ||  |  |    | | | ||| | |   |||| | ||||   || ||||| |  | |     ||||   | |   |  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||  |||| ||||||||||| ||||| || ||| | |||||||||||||||
-----------------------gtactgatttttttag---tgtaatgagtc----taacatttttattcattgtaatatgtatatgtattatgctcatacatctgatttttcttatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGTGCTGTTGCTAAGAAAATCCTTAAAGACTTTTCTGGAACTGAG

upper sequence: Vv13s0019g04190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT1G48850.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
gtaatgtattttgggctcacattgtaatgacattatgggaactggaaaaaaacaaaatgagaatttgacttcatgtagtttgtagttttatggttgttccacaatttggatgaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGAGCTGTTGCTAAAAAAATACTCAAAAATTTTTCTGGAACTGAG
    | | ||||    | | |||      |   ||       ||| ||      |  ||   |   | | |  |  || ||    |    |    |||   |  ||             ||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||  |||||||| | || || |||||  | ||  | ||| | |||||||||
---gtatctttttctgttaaattactcacatgctacttttcttggtaaggttttatgtgttcaaa-ggcattgttcagcttaacataccttaagcgttattcttttca-----------agGGTGGAGGAAGATCTTCAGCTAGAGAGACCATTGGAAGAGTTGCTCCTGGAGCTTTGGCCAAGAAAATTTTGAAGCAATTTGCAGGAACTGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71880899|gb|DT029954.1|DT029954
EST:     CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
genomic: CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAGgtaatgtatt ... gaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
EST: gi|71877721|gb|DT026776.1|DT026776
EST:     CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
genomic: CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAGgtaatgtatt ... gaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
EST: gi|352778035|gb|FQ467088.1|FQ467088
EST:     CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCAGCCAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
genomic: CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAGgtaatgtatt ... gaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
EST: gi|71879200|gb|DT028255.1|DT028255
EST:     CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
genomic: CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAGgtaatgtatt ... gaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
EST: gi|71880874|gb|DT029929.1|DT029929
EST:     CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
genomic: CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAGgtaatgtatt ... gaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
EST: gi|352776661|gb|FQ465459.1|FQ465459
EST:     CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
genomic: CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAGgtaatgtatt ... gaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
EST: gi|352777956|gb|FQ467009.1|FQ467009
EST:     CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAN                         GGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
genomic: CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAGgtaatgtatt ... gaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
EST: gi|351024445|gb|FQ426254.1|FQ426254
EST:     CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
genomic: CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAGgtaatgtatt ... gaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
EST: gi|352778092|gb|FQ467145.1|FQ467145
EST:     CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGAGAGAGTTGCAGCTGGA
genomic: CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAGgtaatgtatt ... gaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
EST: gi|352763986|gb|FQ467556.1|FQ467556
EST:     CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAG                         GGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
genomic: CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAGgtaatgtatt ... gaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
EST: gi|352768213|gb|FQ467352.1|FQ467352
EST:     CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAA                         GGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAAAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA
genomic: CACATGCAGATGCTACTTATGACTTCAAGTATGGTGTGAGGTCGGTGCAGgtaatgtatt ... gaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gacttcatgtagtttgtagttttatggttgttccacaatttggatgaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGAGCTGTTGCTAAAAAAATACTCAAAAATTTTTCTGGAACTGAG
 atttgac  putative branch site (score: 4)
                tagttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatgtattttgggctcacattgtaatgacattatgggaactggaaaaaaacaaaatgagaatttgacttcatgtagtttgtagttttatggttgttccacaatttggatgaaaatgtagGGTGGTGGTAGATCTTCAGCGAGAGAAACCATTGGGAGAGTTGCAGCTGGAGCTGTTGCTAAAAAAATACTCAAAAATTTTTCTGGAACTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT