Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtaggcattatatataggcttatggtattgcaagtacatttatgttcatgcgcttacatattttcccaattcagtaactttctatgtccttgttatgcagATTGAAACTCATGACTACATGGCAAAGCTTTTCCATGGAATTATCCAGTTCAACAACATATTGATTGATTTTGATAGAGACATATGGAGCTATATTTCTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0019g03330.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0019g03330.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA10G39300.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-----gtaggcattatatataggcttatggt-attgcaagtacatttatgttcatgcgcttacatattttcccaattcagtaactttctatgtccttgttatgcagATTGAAACTCATGACTACATGGCAAAGCTTTTCCATGGAATTATCCAGTTCAACAACATATTGATTGATTTTGATAGAGACATATGGAGCTATATTTCTG
      || |    |  ||| |  | ||| | ||   | |   | ||  | |  |    | |  |||  | |  |||   | |||   | ||     ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    | ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||  ||||| ||||||| ||| 
caaagctaagttagagctatcgtttcatgatcatctgatgccaacttgagatggtaacttaatgtatcctgctgattatattactccatttg-----gtta-acagATTGAAACTCATGACTACATGGCAAAGCTTTTTCATTTGCTCATCCAGTTCAATAATATATTGATTGAATTTGATAGAGATGTATGGGGCTATATATCTT

upper sequence: Vv13s0019g03330.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA02G42130.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtaggcattatatataggctta--tggtattgcaagtacattt----atgttcatgcgcttacatattttcccaattcagtaactttctatgtccttgttatgcagATTGAAACTCATGACTACATGGCAAAGCTTTTCCATGGAATTATCCAGTTCAACAACATATTGATTGATTTTGATAGAGACATATGGAGCTATATTTCTG
      || | |  || | | |  ||  ||| || |  ||| |    |||   |   | | || || | |          | |  ||      | | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    | ||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||  ||||| ||||||| ||| 
-----aatcaaagctaagttgaactgccatttcatgatcatctgatcatgccaacttggtaacttaatgtattgtgctgattatattactccacttggtta-acagATTGAAACTCATGACTACATGGCAAAGCTTTTTCATTTGCTCATCCAGTTCAATAATATATTAATCGATTTTGATAGAGATGTATGGGGCTATATATCTT

upper sequence: Vv13s0019g03330.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA14G06780.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
--gtaggcattatatataggcttatggtattgcaagtacatttatgttcatgcgcttacatattttcccaattcagtaactttctatgtccttgttatgcagATTGAAACTCATGACTACATGGCAAAGCTTTTCCATGGAATTATCCAGTTCAACAACATATTGATTGATTTTGATAGAGACATATGGAGCTATATTTCTG
  |      | |  | |    | ||| |  |   |  |     |  || |   | | || || | |          | |  ||      | | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    | ||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||  | ||| ||||||| ||| 
aagctaagttgacttgtcatttcatgatcatctgatcatgccaac-ttgagatggtaacttaatgtatggtgctgattatattactccacttggtta-acagATTGAAACTCATGACTACATGGCAAAGCTTTTTCATTCGCTCATCCAGTTCAATAATATATTAATCGATTTTGATAGAGATGTGTGGGGCTATATATCTT

upper sequence: Vv13s0019g03330.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA20G28590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
-----gtaggcattatatataggcttatggt-attgcaagtacatttatgttcatgcgcttacatattttcccaattcagtaactttctatgtccttgttatgcagATTGAAACTCATGACTACATGGCAAAGCTTTTCCATGGAATTATCCAGTTCAACAACATATTGATTGATTTTGATAGAGACATATGGAGCTATATTTCTG
      || |    |  |||    | ||| | ||   | |   | ||  |||  |    | |  |||  | |  |||   |||||         |||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    | ||||||||||| || ||||   | | ||    ||   |                    
caaagctaagttagagctatcatttcatgatcatctgatgccaacttgagttggtaacttaatgtatcctgctgattatataactcca------cttggttaacagATTGAAACTCATGACTACATGGCAAAGCTTTTTCATTTGCTCATCCAGTTCAATAATATATCTTTGGGTTACTTTAAGCAG-------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37187463|gb|CF606816.1|CF606816
EST:     AAGAGTTTGTAAAATCACTTGGACTAAGTTTCAATCCCTATGTGACTCAG                         ATTGAAACTCATGACTACATGGCAAAGCTTTTCCATGGAATTATCCAGTTC
genomic: AAGAGTTTGTAAAATCACTTGGACTAAGTTTCAATCCCTATGTGACTCAGgtttgttttt ... tgttatgcagATTGAAACTCATGACTACATGGCAAAGCTTTTCCATGGAATTATCCAGTTC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcatgcgcttacatattttcccaattcagtaactttctatgtccttgttatgcagATTGAAACTCATGACTACATGGCAAAGCTTTTCCATGGAATTATCCAGTTCAACAACATATTGATTGATTTTGATAGAGACATATGGAGCTATATTTCTG
                          cagtaac  putative branch site (score: 2)
                                ctttctatgtcctt  CT-rich tract
        ttacatatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaggcattatatataggcttatggtattgcaagtacatttatgttcatgcgcttacatattttcccaattcagtaactttctatgtccttgttatgcagATTGAAACTCATGACTACATGGCAAAGCTTTTCCATGGAATTATCCAGTTCAACAACATATTGATTGATTTTGATAGAGACATATGGAGCTATATTTCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
gtaggca
- - - - - - - - -gcttatg
- - - - - - - - - - - - - - -gcaagta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgcgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgtcc