1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ctgactgcaagtatttgaaaaatacatgaatggtctacttcttccttcaactctgcctttaaactgtacacttactgatgtaaacttctgcttgctgcagCTGGCCTTGTACACCATCCGCACATGGACATTAACTGTGTTAGAAAATGTAAACTCCCTGGTTGGAAGAACAGCTGCACCAGAATATCTGCAGAAACTCA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0019g00020.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCTTGCCAATTATATCAGCGATTGGATGGACCCAGTTGGAGCTATCATT CTGGCCTTGTACACCATCCGCACATGGACATTAACTGTGTTAGAAAATGTAEST: gi|110691965|gb|EE070667.1|EE070667
genomic: TCCTTGCCAATTATATCAGCGATTGGATGGACCCAGTTGGAGCTATCATTgtaagtggaa ... cttgctgcagCTGGCCTTGTACACCATCCGCACATGGACATTAACTGTGTTAGAAAATGTA
EST: AGCGATTGGATGGACCCAGTTGGAGCTATCATT CTGGCCTTGTACACCATCCGCACATGGACATTAACTGTGTTAGAAAATGTAEST: gi|110377417|gb|EC942479.1|EC942479
genomic: AGCGATTGGATGGACCCAGTTGGAGCTATCATTgtaagtggaa ... cttgctgcagCTGGCCTTGTACACCATCCGCACATGGACATTAACTGTGTTAGAAAATGTA
EST: CTTGCCAATTATATCAGCGATTGGATGGACCCAGTTGGAGCTATCATT CTGGCCTTGTACACCATCCGCACATGGACATTAACTGTGTTAGAAAATGTAEST: gi|110732363|gb|EE107582.1|EE107582
genomic: CTTGCCAATTATATCAGCGATTGGATGGACCCAGTTGGAGCTATCATTgtaagtggaa ... cttgctgcagCTGGCCTTGTACACCATCCGCACATGGACATTAACTGTGTTAGAAAATGTA
EST: TCCTTGCCAATTATATCAGCGATTGGATGGACCCAGTTGGAGCTATCATT CTGGCCTTGTACACCATCCGCACATGGACATTAACTGTGTTAGAAAATGTA
genomic: TCCTTGCCAATTATATCAGCGATTGGATGGACCCAGTTGGAGCTATCATTgtaagtggaa ... cttgctgcagCTGGCCTTGTACACCATCCGCACATGGACATTAACTGTGTTAGAAAATGTA
ttcaactctgcctttaaactgtacacttactgatgtaaacttctgcttgctgcagCTGGCCTTGTACACCATCCGCACATGGACATTAACTGTGTTAGAAAATGTAAACTCCCTGGTTGGAAGAACAGCTGCACCAGAATATCTGCAGAAACTCA
tactgat putative branch site (score: 2)
cttctgctt putative PPT
tttaaact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgactgcaagtatttgaaaaatacatgaatggtctacttcttccttcaactctgcctttaaactgtacacttactgatgtaaacttctgcttgctgcagCTGGCCTTGTACACCATCCGCACATGGACATTAACTGTGTTAGAAAATGTAAACTCCCTGGTTGGAAGAACAGCTGCACCAGAATATCTGCAGAAACTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - gcaagta
- - - - - - - - -aaaaata
- - - - - - - - - - - - - tgaatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acttctg