Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tacccaaccatactgacacgagtataactcataatcagttctcaattgcttcagaagcaagaattttactggtgcttattctattgtctaaaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGATGGGCTGTGGGATGTTTACAGTGATACAGGGATGGGTGTTTGTGCTGAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0057g01200.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os09g07830.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
tacccaaccatactgacacga-gtataactcataatcagttctcaattgcttcagaagcaagaattttactggtgctta-ttctattgtctaaaaatt-gcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGATGGGCTGTGGGATGTTTACAGTGATACAGGGATGGGTGTTTGTGCTGAA
  |   ||  |  | |   ||  |||  ||||   | |  | | || |   | ||   |  |  |||  ||  ||   | || || | | |  |  || |||| || |||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||| || ||||| || |||||||| ||| |||||   |  |||||   ||||||||| 
--cttcactgtggtaattagacatatttctcagtttgaaatttaaaatatatgaggttcttgt-tttggcttatgtacagttttaatttatgtatgtttgcagAAAAGGATCTCGTTTTGGACATGACACTCTTGTTGATGGCATGCTTAAAGATGGCCTTTGGGATGTATACGGTGATTTTGCCATGGGAAATTGTGCTGAG

upper sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
-tacccaaccatactgacacgagtataactcataatcagttctcaattgcttcagaagcaagaattttactggtgcttattctattgtctaaaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGATGGGCTGTGGGATGTTTACAGTGATACAGGGATGGGTGTTTGTGCTGAA
    | |   |    |   | ||| |   |   ||    |  ||  ||  |    ||     | ||  |||| |  | |   |  |   || || |||||||||||| ||||| ||||| |||||  | ||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||   |  |||||  | ||||| || 
gaggctattaacgaagtggccagttttgttgtgaaagtatattctgttcatgtttaaagtgcatttcaactgcttataagcttgctaattacaa-ttgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGGCTTTGGGATGTATACAATGATTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAG

upper sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM5G830250_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
tacccaaccatactgacacgagtat-aactcataatcagttctcaattgcttcagaag-caagaattttactggtgcttattctattgtctaaaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGATGGGCTGTGGGATGTTTACAGTGATACAGGGATGGGTGTTTGTGCTGAA
|   |||   ||        | | | ||   |||    |||||   ||      ||   | |    |||| |     | |   |  |   || |||| |||||||||| ||||| |||||||||||  | ||||||||||  ||||| |||||||| || |||||||| |||| ||||   |  |||||  | |||||||| 
ttaacaaagttatcagttttattttgaaagtatatgatgttcttgtttaaagtggatttccactgctttaata-caataagcttgctaattacaaat-gcagGAAGGGTTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGTCTTTGGGATGTATACAATGATTGTGCCATGGGAATGTGTGCTGAG

upper sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G085474_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 5
tacccaaccatactgacacgagtataactcataatcagttctcaattgc--ttcagaagcaagaattttactggtgcttattc-----tattgtcta-aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGATGGGCTGTGGGATGTTTACAGTGATACAGGGATGGGTGTTTGTGCTGAA
      | |  ||||| |  |    || |       | ||  | |  |   ||  ||| |  || |   |||| |      |      |||| |  | |  | |||||||| || ||||| |||||||||||  | ||||||||||  ||||| |||||||| || |||||||| |||| |||    |  |||||  | ||||| |||
------atcccactgaaatcaaggaaatttcggg--aatttccgaccgaaattatgaaccctgattccaactgctataatctggaaaatattctacatacgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGACTTTGGGATGTATACAATGACTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAA

upper sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA02G47860.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
tacccaaccatactgacacgagtataactcataatcagttctcaattgcttcagaagcaagaattttactggtgcttattctattgtctaaaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGATGGGCTGTGGGATGTTTACAGTGATACAGGGATGGGTGTTTGTGCTGAA
       | ||| || |     |  ||| |    ||   |    |||  |||    |    |||          || |||| ||   |||||| || |||||| ||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||  |||||||||| || |  |||   || ||||| || |||||||| 
-----gtcaatattgccttttattcaacac----tctccttatgattagttcttgtgttgaaat-------aaactgattcaata--ctaaaagtt-cagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGATGGTTTGTGGGATGTCTATAAGGATGTTGGCATGGGAGTCTGTGCTGAG

upper sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA14G00760.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
tacccaaccatactgacacgagtataactcataatcagttctcaattgcttcagaagcaagaattttactggtgcttattc-tattgtctaaaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGATGGGCTGTGGGATGTTTACAGTGATACAGGGATGGGTGTTTGTGCTGAA
                    | |||  |   ||||  |    || |  | | |  |  |    || |  ||      | |  |    |   |||| | |||||| ||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||  |||||||||| || |  |||   || ||||| || |||||||| 
-----------------gtcaatattgcctttaattcga---cactctccttaagattagttcttgtgttgaaataaactgattcaatactaaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGATGGTTTGTGGGATGTCTATAAGGATGTTGGCATGGGAGTGTGTGCTGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110398909|gb|EC965389.1|EC965389
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|30126694|gb|CB912033.1|CB912033
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|30133903|gb|CB919242.1|CB919242
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|110699364|gb|EE076300.1|EE076300
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGA-TTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|110403296|gb|EC964774.1|EC964774
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|71859096|gb|DT008151.1|DT008151
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|110701385|gb|EE078893.1|EE078893
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|161716985|gb|FC066530.1|FC066530
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|161717757|gb|FC064725.1|FC064725
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|71866622|gb|DT015677.1|DT015677
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|161712803|gb|FC062326.1|FC062326
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|110398035|gb|EC964108.1|EC964108
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|32269649|gb|CD718808.1|CD718808
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|30254555|gb|CB971300.1|CB971300
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATATGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|71875811|gb|DT024866.1|DT024866
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|110723077|gb|EE099979.1|EE099979
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|30130051|gb|CB915390.1|CB915390
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|110686757|gb|EE064757.1|EE064757
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|30129595|gb|CB914934.1|CB914934
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|349833317|gb|FQ416695.1|FQ416695
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|161720962|gb|FC070684.1|FC070684
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|110698167|gb|EE075418.1|EE075418
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|110685325|gb|EE063616.1|EE063616
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|110723249|gb|EE100343.1|EE100343
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|71855093|gb|DT004148.1|DT004148
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|110371396|gb|EC935385.1|EC935385
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|71859317|gb|DT008372.1|DT008372
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|34543095|gb|CF511327.1|CF511327
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|77587675|gb|DV223012.1|DV223012
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|30299187|gb|CB975981.1|CB975981
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATCCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|110702702|gb|EE078902.1|EE078902
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|110364569|gb|EC927918.1|EC927918
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|77586011|gb|DV222101.1|DV222101
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: gi|71858509|gb|DT007564.1|DT007564
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG                         GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgcttcagaagcaagaattttactggtgcttattctattgtctaaaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGATGGGCTGTGGGATGTTTACAGTGATACAGGGATGGGTGTTTGTGCTGAA
                                        gtctaaa  putative branch site (score: 3)
                              ttattctattgtctaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tacccaaccatactgacacgagtataactcataatcagttctcaattgcttcagaagcaagaattttactggtgcttattctattgtctaaaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGATGGGCTGTGGGATGTTTACAGTGATACAGGGATGGGTGTTTGTGCTGAA

- -ccaacca
- - - - - - ctgacac
- - - - - - - - - - - - -aactcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttactgg