1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...agacaacttaattacttttctggagcatgaggttttgagatatcattacaattgccttcagagagactgggtttgatgttaatttcacctataatttcagAGTGTGATGGATGTGCCCAAGTATGTGCCGCCTGCAGAGAAGCTAACAAAGACTCCGAAGCCATCTGGAGGAGTTTATGGGTCTGCAGCATCTGACCGCC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0035g00660.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGCTCATGAGTACAAGTTAAAGAACCACATCATGTCTCACCATGAAAAG AGTGTGATGGATGTGCCAAAGTATGTGCCGCCTGCAGAGAAGCTAACAAAAEST: gi|110729446|gb|EE105404.1|EE105404
genomic: ATGCTCATGAGTACAAGTTAAAGAACCACATCATGTCTCACCATGAAAAGgttggtacca ... ataatttcagAGTGTGATGGATGTGCCCAAGTATGTGCCGCCTGCAGAGAAGCTAACAAAG
EST: ATGCTCATGAGTACAAGTTAAAGAACCACATCATGTCTCACCATGAAAAG AGTGTGATGGATGTGCCCAAGTATGTGCCGCCTGCAGAGAAGCTAANCAA-
genomic: ATGCTCATGAGTACAAGTTAAAGAACCACATCATGTCTCACCATGAAAAGgttggtacca ... ataatttcagAGTGTGATGGATGTGCCCAAGTATGTGCCGCCTGCAGAGAAGCTAA-CAAA
ttacaattgccttcagagagactgggtttgatgttaatttcacctataatttcagAGTGTGATGGATGTGCCCAAGTATGTGCCGCCTGCAGAGAAGCTAACAAAGACTCCGAAGCCATCTGGAGGAGTTTATGGGTCTGCAGCATCTGACCGCC
tgttaat putative branch site (score: 3)
tttgatgttaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agacaacttaattacttttctggagcatgaggttttgagatatcattacaattgccttcagagagactgggtttgatgttaatttcacctataatttcagAGTGTGATGGATGTGCCCAAGTATGTGCCGCCTGCAGAGAAGCTAACAAAGACTCCGAAGCCATCTGGAGGAGTTTATGGGTCTGCAGCATCTGACCGCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
agacaac
- - - - - - - - tttctgg
- - - - - - - - - - - - gcatgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agagaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gggtttg