1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gccttttcttctcatggcacagctttatgcgtctgtctgattcagtagcagtaaataaattgattactcatgtactgatctgattttaatgggatatcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCCTGTTCCACATGTCATGTGATTGTGATG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv11s0016g00530.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGAATGTCTATGTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGAACTCGAAG GAGCATGTGAAGGTTCACTTGCCTGTTCCACATGTCATGTGATTGTGATGEST: gi|30252686|gb|CB970237.1|CB970237
genomic: TGGAATGTCTATGTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGAACTTGAAGgtgtgtattt ... gggatatcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCCTGTTCCACATGTCATGTGATTGTGATG
EST: TGGAATGTCTATGTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGAACTCGAAG GAGCATGTGAAGGTTCACTTGCCTGTTCCACATGTCATGTGATTGTGATGEST: gi|71887854|gb|DT036909.1|DT036909
genomic: TGGAATGTCTATGTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGAACTTGAAGgtgtgtattt ... gggatatcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCCTGTTCCACATGTCATGTGATTGTGATG
EST: TGGAATGTCTATGTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGAACTCGAAG GAGCATGTGAAGGTTCACTTGCCTGTTCCACATGTCATGTGATTGTGATG
genomic: TGGAATGTCTATGTTAGAAGCTGCTCATGAAAATGATATAGAACTTGAAGgtgtgtattt ... gggatatcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCCTGTTCCACATGTCATGTGATTGTGATG
tagcagtaaataaattgattactcatgtactgatctgattttaatgggatatcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCCTGTTCCACATGTCATGTGATTGTGATG
taaataaattgattac TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gccttttcttctcatggcacagctttatgcgtctgtctgattcagtagcagtaaataaattgattactcatgtactgatctgattttaatgggatatcagGAGCATGTGAAGGTTCACTTGCCTGTTCCACATGTCATGTGATTGTGATG
- - - - - -tcatggc
- - - - - - - - - - - - - - - - -tgtctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtac