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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtagtggtttcttgttgcacaatatttggttatggtccattttgtgagttgggcatatggcatctgattcctctctttcattagACAGAGGAGAAGTACCGCCACTACGTAAACACATTAACAGAGCGCATACAAACATGTGATGATATACTTCATCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g00350.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|122689568|gb|EC941180.1|EC941180
EST:     TTCTATAAGTGGTTTACTGATCTTGAATCAGCCATGAAGTCGGAG                         ACAGAGGAGAAGTACCGCCACTACGTAAACACATTAACAGAGCGCATACAA
genomic: TTCTATAAGTGGTTTACTGATCTTGAATCAGCCATGAAGTCAGAGgttagtagtg ... ctttcattagACAGAGGAGAAGTACCGCCACTACGTAAACACATTAACAGAGCGCATACAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatggtccattttgtgagttgggcatatggcatctgattcctctctttcattagACAGAGGAGAAGTACCGCCACTACGTAAACACATTAACAGAGCGCATACAAACATGTGATGATATACTTCATCAG
                                atctgat  putative branch site (score: 4)
                                 tctgattcctctcttt  CT-rich tract
                                              tttcatta  TA-rich tract