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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattcctttgtaaatatttgtttcttggcttgacatgccccttgatagagatctcttgtaagatttgctctctttttaagtttcttaaattttctgaatttgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0018g01780.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29784297|gb|CB344831.2|CB344831
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACATCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|349823556|gb|FQ414966.1|FQ414966
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|32271352|gb|CD720511.1|CD720511
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|110375956|gb|EC940987.1|EC940987
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|110386695|gb|EC951311.1|EC951311
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|110411796|gb|EC977519.1|EC977519
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|111125066|gb|EE253677.1|EE253677
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACACCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|351024111|gb|FQ423534.1|FQ423534
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|34542620|gb|CF510852.1|CF510852
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|349823504|gb|FQ414914.1|FQ414914
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|110372559|gb|EC936737.1|EC936737
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|32248427|gb|CD714246.1|CD714246
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|110387079|gb|EC951719.1|EC951719
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|351015119|gb|FQ444408.1|FQ444408
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|351022170|gb|FQ438755.1|FQ438755
EST:     TGAGGGCA-TTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAAGAAGCCTT
genomic: TGAGG-CAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGA-GTAGCCTT
EST: gi|110390868|gb|EC955807.1|EC955807
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGC
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGC
EST: gi|29784413|gb|CB345109.2|CB345109
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|32268834|gb|CD717993.1|CD717993
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|110385943|gb|EC950505.1|EC950505
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|110413183|gb|EC978960.1|EC978960
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|29784391|gb|CB345050.2|CB345050
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTA-GACCACC
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACG-CCACC
EST: gi|32269676|gb|CD718835.1|CD718835
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|110372429|gb|EC936593.1|EC936593
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|110383897|gb|EC948302.1|EC948302
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
EST: gi|29785638|gb|CB342854.2|CB342854
EST:     TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGAATCACCCG                         GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA
genomic: TTGAGGCAATTCGTTTGACGATTATAAACAATATGCTTCAGTATCACCCGgtattccttt ... tgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtaagatttgctctctttttaagtttcttaaattttctgaatttgtggtccagGAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG
                 tttttaagtttcttaa  TA-rich tract