Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtctaaaccgttgccttcactttttattttctctgtttttgaaggttgtgaatgtagttctatgacattagcataggccaggagattgattcttattttggctatcctcagACATGTTAGCAGAGCTCTCAAGGAGAGAGAAAGCAGCAAATATTAAGCCTGATCCTGATCTTGATGTCTTCATGAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g05600.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttctatgacattagcataggccaggagattgattcttattttggctatcctcagACATGTTAGCAGAGCTCTCAAGGAGAGAGAAAGCAGCAAATATTAAGCCTGATCCTGATCTTGATGTCTTCATGAAG
                           gattgat  putative branch site (score: 4)
                                             ctatcctc  putative PPT
                            attgattcttatttt  TA-rich tract