1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaatggatctctgtttagttaaattgatattagaattctttctgtgaggtgaattatgtggtcaagcagtagattttggtgttactcaatctaaagatttttcttttgttggtgtgctagtggaaattcatttgtttcatgtttaacagGAGAAAGGCAGGCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCCGTGATATTAGAATCTGAAGCTGCAAAGATGGACCAGGTTAACAGAGCTCAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv09s0002g01630.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCAAGCAGAAGCAGAACGTAAAAAGAGAGCTCAAATTCTTGAATCAGAGG GAGAAAGGCAGTCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCTGTGAEST: gi|110377134|gb|EC942193.1|EC942193
genomic: GCAAGCAGAAGCAGAACGTAAAAAGAGAGCTCAAATTCTTGAATCAGAGGgtaatggatc ... tgtttaacagGAGAAAGGCAGGCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCCGTGA
EST: GCAAGCAGAAGCAGAACGTAAAAAGAGAGCTCAAATTCTTGAATCAGAGG GAGAAAGGCAGGCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCTGTGAEST: gi|110393459|gb|EC958711.1|EC958711
genomic: GCAAGCAGAAGCAGAACGTAAAAAGAGAGCTCAAATTCTTGAATCAGAGGgtaatggatc ... tgtttaacagGAGAAAGGCAGGCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCCGTGA
EST: GCAAGCAGAAGCAGAACGTAAAAAGAGAGCTCAAATTCTTGAATCAGAGG GAGAAAGGCAGGCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCTGTGAEST: gi|110385372|gb|EC949890.1|EC949890
genomic: GCAAGCAGAAGCAGAACGTAAAAAGAGAGCTCAAATTCTTGAATCAGAGGgtaatggatc ... tgtttaacagGAGAAAGGCAGGCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCCGTGA
EST: GCAAGCAGAAGCAGAACGTAAAAAGAGAGCTCAAATTCTTGAATCAGAGG GAGAAAGGCAGGCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCTGTGAEST: gi|30325554|gb|CD008816.1|CD008816
genomic: GCAAGCAGAAGCAGAACGTAAAAAGAGAGCTCAAATTCTTGAATCAGAGGgtaatggatc ... tgtttaacagGAGAAAGGCAGGCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCCGTGA
EST: GCAAGCAGAAGCAGAACGTAAAAAGAGAGCTCAAATTCTTGAATCAGAGG GAGAAAGGCAGTCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCTGTGAEST: gi|30327281|gb|CD010543.1|CD010543
genomic: GCAAGCAGAAGCAGAACGTAAAAAGAGAGCTCAAATTCTTGAATCAGAGGgtaatggatc ... tgtttaacagGAGAAAGGCAGGCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCCGTGA
EST: GCAAGCAGAAGCAGAACGTAAAAAGAGAGCTCAAATTCTTGAATCAGAGG GAGAAAGGCAGTCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCTGTGA
genomic: GCAAGCAGAAGCAGAACGTAAAAAGAGAGCTCAAATTCTTGAATCAGAGGgtaatggatc ... tgtttaacagGAGAAAGGCAGGCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCCGTGA
agatttttcttttgttggtgtgctagtggaaattcatttgtttcatgtttaacagGAGAAAGGCAGGCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCCGTGATATTAGAATCTGAAGCTGCAAAGATGGACCAGGTTAACAGAGCTCAAG
aaattcatttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatggatctctgtttagttaaattgatattagaattctttctgtgaggtgaattatgtggtcaagcagtagattttggtgttactcaatctaaagatttttcttttgttggtgtgctagtggaaattcatttgtttcatgtttaacagGAGAAAGGCAGGCAAACATTAACATTGCAGATGGGAATAAAAGCTCCGTGATATTAGAATCTGAAGCTGCAAAGATGGACCAGGTTAACAGAGCTCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA