Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actcccaaatgcactcaaaattgttcttgcctttgcttgaaaggatgcttaagaatttgattaatgtaaatttttgtgcttgtgtcaccttttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0105g00590.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0105g00590.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os05g28200.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
------------------------------actcccaaatgcactcaaaattgttcttgcctttgcttga--aaggatgcttaagaatttgattaatgtaaatttttgtgcttgtgtcaccttttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG
                              |||   |    | |||   ||   |      | ||||  |   || |   ||   | |     |||   | || |  |   |    |   | |  || | ||||| | || || |||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||
gtttgctgttaggacttggatatgttttatacttttatcgactctcttcataacttcatattatgctgcatggagaactttttgcactgctgctaacaaatatgtcagctttcaaatgttcctgactgt-agACAATTAACGACTGGTATGATCGAGATATAGATGCGATAAATGAACCTTACCGTCCTATTCCTTCAGGCGCTATATCAGAAAATGAG

upper sequence: Vv08s0105g00590.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G162672_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
----actcccaaatgcactcaaaattgttcttgcctttgcttgaaaggatgct---taagaatttgattaatgtaaatttttgtgcttgt--gtcaccttttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG
    |||   |||| | ||       |   |    | | | |  |  ||||||   |  ||   | |||  |   |||   | ||   |     ||   || ||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||
gtttacttttaaattctctttgt-cagccttcatttataccttcagagatgctgcgtgggagact-atttctactaataagtatgtcagccaaacattcttgcttgtagACACTTAATGACTGGTATGATCGAGACATTGATGCAATTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTATATCAGAAAACGAG

upper sequence: Vv08s0105g00590.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G162672_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
----actcccaaatgcactcaaaattgttcttgcctttgcttgaaaggatgct---taagaatttgattaatgtaaatttttgtgcttgt--gtcaccttttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG
    |||   |||| | ||       |   |    | | | |  |  ||||||   |  ||   | |||  |   |||   | ||   |     ||   || ||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||       
gtttacttttaaattctctttgt-cagccttcatttataccttcagagatgctgcgtgggagact-atttctactaataagtatgtcagCCAAACATTCTTGCTTGTAGACACTTAATGACTGGTATGATCGAGACATTGATGCAATTAATGAGCCTTATCGGCCTATTCCATCAGGTGCTATATCAGA-------

upper sequence: Vv08s0105g00590.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA07G18470.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
--------actcccaaatgcactcaaaattgttcttgcctttgcttgaaaggatgcttaagaatttgattaatgtaaatttttgtgcttgtgtcaccttttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG
          |  |  ||  |   ||| || | |  ||   |  | ||  |||    |   | |   || | | ||| |||   |  ||| ||      || |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||| | || |||||||| ||||||||||| || ||||||
gtagtgtttttttcttatttatataaagttttgccagctgctattggatggga-atatctcactgacataagtataactttgaattattgggttgttaatt-ttttagACTCTGAATGATTGGTATGACCGAGAAATTGACGCAATAAATGAACCTTATAGACCAATTCCTTCTGGGGCAATATCTGAGAATGAG

upper sequence: Vv08s0105g00590.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA16G19340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
---------actcccaaatgcactcaaaattgttcttgcctttgcttgaaaggatgcttaagaatttgattaatgtaaatttttgtgcttgtgtcaccttttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG
           |  |  ||  |   ||| || | |       |  | ||  |||    |   | |   || | | ||| |||   |  ||| ||      || |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||| |  | |||||||| ||||||||||| || ||||||
gtagtgttttttttcttatttatataaagttttgccaattgctattggatggga-atatctcactgacataagtataactttgaattattgggttgttaatttttttagACTCTGAATGATTGGTATGACCGAGAAATTGACGCAATAAATGAACCTTATAGATCAATTCCTTCTGGGGCAATATCTGAGAATGAG

upper sequence: Vv08s0105g00590.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA18G43310.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
---actcccaaatgcactcaaaattgttcttgcctttgc-ttgaaaggatgcttaagaatttgattaatgtaaatttttgtgcttgtgtcaccttttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG
     |    |||  |   ||| || | |  ||   |   ||| | ||  |  |   | |   |  | | ||| |||   |  ||| || |  ||||    |||||  | ||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||| | || |||||||| ||||||||||| || ||||||
ccttttttttaatttatataaagttttgccagctgctatattggatgggagtatctcactgacacaagtataactttgaattattgggttaattttt----tagACTATGAATGATTGGTACGACCGAGAAATTGATGCAATAAATGAACCTTATAGACCAATTCCTTCTGGGGCAATATCTGAGAATGAG

upper sequence: Vv08s0105g00590.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT3G51820.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
actcccaaatgcactcaaaattgttcttgcctttgcttgaaaggatgcttaagaatttgattaatgtaaatttttgtgcttgtgtcaccttttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG
    |    |  || ||| |     ||  | | | |||      || ||   | ||||| ||  ||  |       |      | |   |    ||  ||||| |||| || ||||||||| |||| || || ||||||||||| || |||||||| ||||| || || |||||||| ||    |||
--gtctggttttacacaacaaaaagctgacttgttctt------attctagtgcatttgcttggtgcta----caataacctagacttgtcgatttccagACAATCAACGACTGGTATGATAGAGATATCGACGCAATTAATGAGCCATATCGTCCAATTCCATCTGGAGCAATATCAGAGCCAGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34547700|gb|CF515932.1|CF515932
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|30252103|gb|CB968742.1|CB968742
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|351018952|gb|FQ426451.1|FQ426451
EST:     TTATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTGTGGGGGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|349830671|gb|FQ416969.1|FQ416969
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|161716004|gb|FC065529.1|FC065529
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|351033623|gb|FQ447782.1|FQ447782
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|351041270|gb|FQ447397.1|FQ447397
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|351034199|gb|FQ463133.1|FQ463133
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|351025946|gb|FQ427958.1|FQ427958
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|351031189|gb|FQ445016.1|FQ445016
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|352791138|gb|FQ477465.1|FQ477465
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|351028530|gb|FQ444811.1|FQ444811
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|349833147|gb|FQ416525.1|FQ416525
EST:     CACTTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|351014975|gb|FQ444264.1|FQ444264
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|351017844|gb|FQ436197.1|FQ436197
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|110712697|gb|EE087971.1|EE087971
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|110698374|gb|EE075807.1|EE075807
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|161709250|gb|FC060129.1|FC060129
EST:     TGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: TGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|351018561|gb|FQ424668.1|FQ424668
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
EST: gi|349829107|gb|FQ419639.1|FQ419639
EST:     CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAG                         ACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT
genomic: CAATTGTTTGCATGATTATGTCTGGCCCATGTCTCACTGGCTATACACAGgtacttttct ... tttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcttaagaatttgattaatgtaaatttttgtgcttgtgtcaccttttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG
             gattaat  putative branch site (score: 3)
                                     tgtcaccttttctttt  putative PPT
     aagaatttgattaatg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
actcccaaatgcactcaaaattgttcttgcctttgcttgaaaggatgcttaagaatttgattaatgtaaatttttgtgcttgtgtcaccttttcttttagACACTCAATGATTGGTATGATCGAGAGATTGATGCAATTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG

-ctcccaa
- - - - - -cactcaa
- - - - - - - - - - - - -cttgcct
- - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatgtaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttgtg