1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttgtaggaaaattgaagcattgttctttgaacttctatacattttgcagactattgtataatgttcttttcgggtttaagcttagtgactgatgtaacagGTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGATGTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0007g07280.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAG GTGGACATGAACTCAGCAAGACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGATEST: gi|26263916|gb|CA814979.1|CA814979
genomic: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAGgtatggtctt ... gatgtaacagGTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGAT
EST: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAG GTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGATEST: gi|71870823|gb|DT019878.1|DT019878
genomic: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAGgtatggtctt ... gatgtaacagGTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGAT
EST: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAG GTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGATEST: gi|110429247|gb|EC995737.1|EC995737
genomic: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAGgtatggtctt ... gatgtaacagGTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGAT
EST: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAG GTGGACATGAACTCAGCAAGACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGATEST: gi|32456166|gb|CD797340.1|CD797340
genomic: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAGgtatggtctt ... gatgtaacagGTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGAT
EST: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAG GTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGATEST: gi|351040393|gb|FQ434526.1|FQ434526
genomic: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAGgtatggtctt ... gatgtaacagGTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGAT
EST: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAG GTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGATEST: gi|71867553|gb|DT016608.1|DT016608
genomic: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAGgtatggtctt ... gatgtaacagGTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGAT
EST: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAG GTGGACATGAACTCAGCAAGACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGATEST: gi|110389316|gb|EC954144.1|EC954144
genomic: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAGgtatggtctt ... gatgtaacagGTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGAT
EST: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAG GTGGACATGAACTCAGCAAGACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGATEST: gi|110414987|gb|EC980855.1|EC980855
genomic: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAGgtatggtctt ... gatgtaacagGTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGAT
EST: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAG GTGGACATGAACTCAGCAAGACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGATEST: gi|37184575|gb|CF603929.1|CF603929
genomic: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAGgtatggtctt ... gatgtaacagGTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGAT
EST: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAG GTGGACATGAACTCAGCAAGACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGAT
genomic: TCTGGGAAGGGCAGTTGTTGTGCATGCTGATCCTGATGATCTTGGAAGAGgtatggtctt ... gatgtaacagGTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGAT
gcagactattgtataatgttcttttcgggtttaagcttagtgactgatgtaacagGTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGATGTG
gactgat putative branch site (score: 3)
tattgtataatgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgtaggaaaattgaagcattgttctttgaacttctatacattttgcagactattgtataatgttcttttcgggtttaagcttagtgactgatgtaacagGTGGACATGAACTCAGCAAAACAACTGGGAATGCTGGTGGCAGAGTTGGATGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - -ggaaaat
- - - - - - tgaagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcagac