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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtggcctgactgcatttgaagttaaacatttgctttttgtctcctagattttgttttttgttggcctcttaacttgaaatatctaattctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGTGCTGATATTCCTGGGAAACGACAACTTCTTTGTGTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g07020.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0007g07020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT3G58560.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
gtggcctgactgcatttgaagttaaacatttgctttttgt--ctcctagattttgttttttgttggcctcttaacttgaaatatctaattctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGTGCTGATATTCCTGGGAAACGACAACTTCTTTGTGTG
||   ||||     | |  |||   |  | || |||  |    | || | |  | ||||||  ||      | | ||  | |       | | ||| ||||||||||||||  ||||||  || ||||||||||||||| ||  ||||| |||||| | ||||||||| || || || |||||||||
gtactctgagatgctctatagtatgatttctgttttccgcacattcttggtgatattttttcatgtaaaactgatttagagt------ctttctttttagGATAATGTTGCTTTAATAGTTGTACTGGAAGCAAAATTCGGTAGCCAGGCTGCTGACAATCCTGGGAAGCGCCAGCTACTTTGTGTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349808434|gb|FQ405578.1|FQ405578
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|351051864|gb|FQ455278.1|FQ455278
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|351052763|gb|FQ456490.1|FQ456490
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|294965969|gb|GW839308.1|GW839308
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATACTGTTGCACTAA
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAA
EST: gi|351044388|gb|FQ452940.1|FQ452940
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|77581062|gb|DV219456.1|DV219456
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAACCTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|351048297|gb|FQ449389.1|FQ449389
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|349810776|gb|FQ403019.1|FQ403019
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|351037882|gb|FQ465120.1|FQ465120
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATCCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|351054602|gb|FQ456799.1|FQ456799
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|349813262|gb|FQ411502.1|FQ411502
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|351016092|gb|FQ432047.1|FQ432047
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTG--CTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|351039176|gb|FQ457851.1|FQ457851
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|351048422|gb|FQ448696.1|FQ448696
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|77585060|gb|DV221616.1|DV221616
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAACCTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|351047379|gb|FQ451891.1|FQ451891
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|77583147|gb|DV220609.1|DV220609
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAACCTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|349815100|gb|FQ410323.1|FQ410323
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGT
EST: gi|110697952|gb|EE075410.1|EE075410
EST:     CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAG                         GATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAA
genomic: CTGTGGTTCCAAGTGCTCAAAAGAAAACTGCTCTAAATCGACTAGTTAAGgtggcctgac ... ctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctagattttgttttttgttggcctcttaacttgaaatatctaattctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGTGCTGATATTCCTGGGAAACGACAACTTCTTTGTGTG
                                           ttctattt  CT-rich tract
                              ttgaaatatctaattc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtggcctgactgcatttgaagttaaacatttgctttttgtctcctagattttgttttttgttggcctcttaacttgaaatatctaattctatttgtagGATAATGTTGCACTAATAGCAGTCCTGGAAGCAAAATTCAGTTACCAGGGTGCTGATATTCCTGGGAAACGACAACTTCTTTGTGTG

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