Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gcaattgaatttcagttgattaaatgatgaaaacataatatgctaatgagttcaaatttgatatatatgattaataattgtattgtgttgattgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGGCAGGAGGACTGGGGAATGTTTTCATTCCGTAGCTTGGTTGCAGAAGGC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g05350.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22014371|gb|BQ799405.1|BQ799405
EST:     CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG                         GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: gi|110395612|gb|EC961279.1|EC961279
EST:     CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG                         GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: gi|110429697|gb|EC996199.1|EC996199
EST:     CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG                         GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: gi|22014482|gb|BQ799516.1|BQ799516
EST:     CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG                         GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: gi|33403871|gb|CF209498.1|CF209498
EST:     CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG                         GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: gi|22011451|gb|BQ796485.1|BQ796485
EST:     CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG                         GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: gi|71871882|gb|DT020937.1|DT020937
EST:     CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG                         GTTGCTCAAAGGACAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: gi|110366475|gb|EC930383.1|EC930383
EST:     CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG                         GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: gi|33409774|gb|CF215401.1|CF215401
EST:     CAGGATGTGATGCTTGGCTCCGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG                         GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: gi|26264895|gb|CA815958.1|CA815958
EST:     CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG                         GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: gi|33409859|gb|CF215486.1|CF215486
EST:     CAGGATGTGATGCTTGGCTCCGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG                         GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: gi|34320237|gb|CF372991.1|CF372991
EST:     CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG                         GTTGCTCAAAGGACAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: gi|22014205|gb|BQ799239.1|BQ799239
EST:     CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG                         GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: gi|32265433|gb|CD716286.1|CD716286
EST:     CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG                         GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgagttcaaatttgatatatatgattaataattgtattgtgttgattgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGGCAGGAGGACTGGGGAATGTTTTCATTCCGTAGCTTGGTTGCAGAAGGC
     ttcaaatttgatatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcaattgaatttcagttgattaaatgatgaaaacataatatgctaatgagttcaaatttgatatatatgattaataattgtattgtgttgattgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGGCAGGAGGACTGGGGAATGTTTTCATTCCGTAGCTTGGTTGCAGAAGGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- aattgaa
- - - - - - - - - - - - - - gaaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctaatg