1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...gggctaaggaagccatttgattttacaatttacattaccatatccagttttattggatgaagtcccaagtccaagttgactaatgtgattgcttttccagGCTGAAATTGGGAGGCAGATGATCGCCGACCGGGAATGGGAAGTTTACCGAATCCTACTTGATGAAGGAGATGGTTTGTTGGTCCCCAGGAACAAGATTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0007g04890.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTTTGACATCACTCATGCTCTGAAGATGCTTAATGTTTGCATCTTTTCG GCTGAAATTGGGAGGCAGATGATCGCCGACCGGGAATGGGAAGTTTACCGAEST: gi|110363139|gb|EC926710.1|EC926710
genomic: TCTTTGACATCACTCATGCTCTGAAGATGCTTAATGTTTGCATCTTTTCGgtacttctct ... gcttttccagGCTGAAATTGGGAGGCAGATGATCGCCGACCGGGAATGGGAAGTTTACCGA
EST: TCTTTGACATCACTCATGCTCTGAAGATGCTTAATGTTTGCATCTTTTCG GCTGAAATTGGGAGGCAGATGATCGCCGACCGGGAATGGGAAGTTTACCGA
genomic: TCTTTGACATCACTCATGCTCTGAAGATGCTTAATGTTTGCATCTTTTCGgtacttctct ... gcttttccagGCTGAAATTGGGAGGCAGATGATCGCCGACCGGGAATGGGAAGTTTACCGA
agttttattggatgaagtcccaagtccaagttgactaatgtgattgcttttccagGCTGAAATTGGGAGGCAGATGATCGCCGACCGGGAATGGGAAGTTTACCGAATCCTACTTGATGAAGGAGATGGTTTGTTGGTCCCCAGGAACAAGATTG
gactaat putative branch site (score: 2)
ttgcttttcc putative PPT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gggctaaggaagccatttgattttacaatttacattaccatatccagttttattggatgaagtcccaagtccaagttgactaatgtgattgcttttccagGCTGAAATTGGGAGGCAGATGATCGCCGACCGGGAATGGGAAGTTTACCGAATCCTACTTGATGAAGGAGATGGTTTGTTGGTCCCCAGGAACAAGATTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - gaagcca
- - - - - - - - - - - - - - - - cattacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcccaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaagtt