Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagcaagtttttatgagattgttccttttttaacatgacacgtgtgtatgcacacccacaccacatatacacacacacacgtgtccccatgtgtgtgcatgcacgcatatgtatacgtacaaacttggtatttgcccattacctggtgaaaattgatttacatccattgtcatgaatgtgttggcagGTTTGTATCCTGTCTTGCCTTTGTATGTGCTCCTGATTACCCAGAGGGATTTCTTGTTTCTGGGAGTGGTGATTCAACA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0151g00790.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349827480|gb|FQ422348.1|FQ422348
EST:     CCCTTAGATGGAGCTCATGAGATCCAGAGTTTTTGTCTTGGTCACACAGA                         GTTTGTATCCTGTCTTGCCTTTATATGTGCTCCTGATTACCCAGAGGGATT
genomic: CCCTTAGATGGAGCTCATGAGATCCAGAGTTTTTGTCTTGGTCACACAGAgtgagcaagt ... gtgttggcagGTTTGTATCCTGTCTTGCCTTTGTATGTGCTCCTGATTACCCAGAGGGATT
EST: gi|351025295|gb|FQ434308.1|FQ434308
EST:     CCCTTAGATGGAGCTCATGGGATCCAGAGTTTTTGTCTTGGTCACACAGA                         GTTTGTATCCTGTCTTGCCTTTATATGTGCTCCTGATTA
genomic: CCCTTAGATGGAGCTCATGAGATCCAGAGTTTTTGTCTTGGTCACACAGAgtgagcaagt ... gtgttggcagGTTTGTATCCTGTCTTGCCTTTGTATGTGCTCCTGATTA
EST: gi|349826552|gb|FQ418643.1|FQ418643
EST:     CCCTTAGATGGAGCTCATGAGATCCAGAGTTTTTGTCTTGGTCACACAGA                         GTTTGTATCCTGTCTTGCCTTTATATGTGCTCCTGATTACCCAGAGGGATT
genomic: CCCTTAGATGGAGCTCATGAGATCCAGAGTTTTTGTCTTGGTCACACAGAgtgagcaagt ... gtgttggcagGTTTGTATCCTGTCTTGCCTTTGTATGTGCTCCTGATTACCCAGAGGGATT
EST: gi|122690606|gb|EC954888.1|EC954888
EST:     CCCTTAGATGGAGCTCATGAGATCCAGAGTTTTTGTCTTGGCCACACAGA                         GTTTGTATCCTGTCTTGCCTTTGTATGTGCTCCTGATTACCCAGAGGGATT
genomic: CCCTTAGATGGAGCTCATGAGATCCAGAGTTTTTGTCTTGGTCACACAGAgtgagcaagt ... gtgttggcagGTTTGTATCCTGTCTTGCCTTTGTATGTGCTCCTGATTACCCAGAGGGATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcccattacctggtgaaaattgatttacatccattgtcatgaatgtgttggcagGTTTGTATCCTGTCTTGCCTTTGTATGTGCTCCTGATTACCCAGAGGGATTTCTTGTTTCTGGGAGTGGTGATTCAACA
                  aattgat  putative branch site (score: 4)
                aaaattgatttacat  TA-rich tract