1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaaggctaagcttaacatatagttattattgtttaaacaaggacattgtgttatgtatatgttaattcggttcttttctgtggtctggcagCTGCTAATGGGCCAACAGCTTCGGCTATTTCCCCTGAGAGTTCTCCAGCAGATTCTTCAGATGAAACTCCTGATGTAACTCCAACCACACAGTCACTGCC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0151g00740.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTTCCAGGTGCATGTAATGTGAAAACACCCTCTGTTAGCCAGTGTAATG CTGCTAATGGGCCAACAGCTTCGGCTATTTCCCCTGAGAGTTCTCCAGCAGEST: gi|161717003|gb|FC064667.1|FC064667
genomic: ACTTCCAGGTGCATGTAATGTGAAAACACCCTCTGTTAGCCAGTGTAATGgtaaggctaa ... ggtctggcagCTGCTAATGGGCCAACAGCTTCGGCTATTTCCCCTGAGAGTTCTCCAGCAG
EST: ACTTCCAGGTGCATGTAATGTGAAAACACCCTCTGTTAGCCAGTGTAATG CTGCTAATGGGCCAACAGCTTCGGCTATTTCCCCTGAGAGTTCTCCAGCAGEST: gi|110384711|gb|EC949169.1|EC949169
genomic: ACTTCCAGGTGCATGTAATGTGAAAACACCCTCTGTTAGCCAGTGTAATGgtaaggctaa ... ggtctggcagCTGCTAATGGGCCAACAGCTTCGGCTATTTCCCCTGAGAGTTCTCCAGCAG
EST: ACTTCCAGGTGCATGTAATGTGAAAACACCCTCTGTTAGCCAGTGTAATG CTGCTAATGGGCCAACAGCTTCGGCTATTTCCCCTGAGAGTTCTCCAGCAGEST: gi|110388895|gb|EC953693.1|EC953693
genomic: ACTTCCAGGTGCATGTAATGTGAAAACACCCTCTGTTAGCCAGTGTAATGgtaaggctaa ... ggtctggcagCTGCTAATGGGCCAACAGCTTCGGCTATTTCCCCTGAGAGTTCTCCAGCAG
EST: ACTTCCAGGTGCATGTAATGTGAAAACACCCTCTGTTAGCCAGTGTAATG CTGCTAATGGGCCAACAGCTTCGGCTATTTCCCCTGAGAGTTCTCCAGCAG
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acaaggacattgtgttatgtatatgttaattcggttcttttctgtggtctggcagCTGCTAATGGGCCAACAGCTTCGGCTATTTCCCCTGAGAGTTCTCCAGCAGATTCTTCAGATGAAACTCCTGATGTAACTCCAACCACACAGTCACTGCC
tgttaat putative branch site (score: 3)
ttatgtatatgttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaggctaagcttaacatatagttattattgtttaaacaaggacattgtgttatgtatatgttaattcggttcttttctgtggtctggcagCTGCTAATGGGCCAACAGCTTCGGCTATTTCCCCTGAGAGTTCTCCAGCAGATTCTTCAGATGAAACTCCTGATGTAACTCCAACCACACAGTCACTGCC
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