Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taaggtggattaggcttgtacatcattttggtggtggggtggtgtgtggaaaaaaggtagaattttgttatctaattattgcttgatctatttcatgcagACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCACTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTAAATTCCGGGTGGAGAACTAGAGCTAAATTCATCTCTCACAATTTGAAGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0031g02290.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110358676|gb|EC923070.1|EC923070
EST:     GTAACTTTGCAGTGGTTAGTTTATGACACCATCAAAGTCTTAAGTGGATT                         ACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCACTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTA
genomic: GTAACTTTGCAGTGGTTAGTTTATGACACCATCAAAGTCTTAAGTGGATTgtaagtgcat ... tttcatgcagACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCACTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTA
EST: gi|110358719|gb|EC923144.1|EC923144
EST:     GTAACTTTGCAGTGGTTAGTTTATGACACCATCAAAGTCTTAAGTGGATT                         ACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCACTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTA
genomic: GTAACTTTGCAGTGGTTAGTTTATGACACCATCAAAGTCTTAAGTGGATTgtaagtgcat ... tttcatgcagACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCACTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTA
EST: gi|30251981|gb|CB969714.1|CB969714
EST:     GTAACTTTGCAGTGGTTAGTTTATGACCCCATCAAAGTCTTAAGTGGATT                         ACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCACTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTA
genomic: GTAACTTTGCAGTGGTTAGTTTATGACACCATCAAAGTCTTAAGTGGATTgtaagtgcat ... tttcatgcagACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCACTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTA
EST: gi|34320428|gb|CF373182.1|CF373182
EST:     GTAACTTTGCAGTGGTTAGTTTATGACACCATCAAAGTCTTAAGTGGATT                         ACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCACTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTA
genomic: GTAACTTTGCAGTGGTTAGTTTATGACACCATCAAAGTCTTAAGTGGATTgtaagtgcat ... tttcatgcagACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCACTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTA
EST: gi|30252021|gb|CB968660.1|CB968660
EST:     GTAACTTTGCAGTGGTTAGTTTATGACCCCATCAAAGTCTTAAGTGGATT                         ACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCCCTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTA
genomic: GTAACTTTGCAGTGGTTAGTTTATGACACCATCAAAGTCTTAAGTGGATTgtaagtgcat ... tttcatgcagACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCACTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTA
EST: gi|110362008|gb|EC925514.1|EC925514
EST:     GTAACTTTGCAGTGGTTAGTTTATGACACCATCAAAGTCTTAAGTGGATT                         ACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCACTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTA
genomic: GTAACTTTGCAGTGGTTAGTTTATGACACCATCAAAGTCTTAAGTGGATTgtaagtgcat ... tttcatgcagACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCACTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtggaaaaaaggtagaattttgttatctaattattgcttgatctatttcatgcagACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCACTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTAAATTCCGGGTGGAGAACTAGAGCTAAATTCATCTCTCACAATTTGAAGT
                                         tctatttc  CT-rich tract
            tagaattttgttatct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taaggtggattaggcttgtacatcattttggtggtggggtggtgtgtggaaaaaaggtagaattttgttatctaattattgcttgatctatttcatgcagACCTACCAGTGGGGAAGTTCTCACTGACAAAGAAGTGAACAAAAAAGTGTAAATTCCGGGTGGAGAACTAGAGCTAAATTCATCTCTCACAATTTGAAGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - ggcttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - ggtgggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttga