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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcttaatctgaaattttccttttctatgtgaaggttatgaattcatcatagagggggcgtctaatctcactcatgtttttgttgtcaatctttgtatgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATTTTAAGAGTGGTCAAACCAAGATGAAATCTGTATTGGTGGATTTCCTTGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0031g00920.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0031g00920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G155242_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gttcttaatctgaaat-tttccttttctatgtgaaggttatgaattcatcatagag----ggggcgtc-taatctcactcatgtttttgttgtcaatctttgtatgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATTTTAAGAGTGGTCAAACCAAGATGAAATCTGTATTGGTGGATTTCCTTGT
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gtgcgtggtttggtgtgtttgcaaaagcttcatggtgttgcatttctgttccaaagtttcatggtgttgtatttctgttccaaggcttattat-acctgttgcatgttcgtagGGCTGATTGATCTTGCTATAAAAAACAACTGCTTGATTGGTGGTGACGACTTCAAGAGTGGACAGACCAAGATGAAATCTGTCTTGGTCGATTTCCTTGT

upper sequence: Vv07s0031g00920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G177461_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gttcttaatctgaaattttccttttctatgtgaaggttatgaattcatcatagagggggcgtctaatctcactcatgtttttgttgtcaatctttgtatgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATTTTAAGAGTGGTCAAACCAAGATGAAATCTGTATTGGTGGATTTCCTTGT
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---------------------------gtgcgtagcgctgcactacaaaattttacatgtgtgta--tttgcttgtgtagtaatgttcagttcatgca------cagGGCTGATGGAGCTTGCCATAAAAAAGAATTCGGTGATAGGAGGCGACGACTTTAAGAGTGGGCAGACCAAGATGAAGTCTGTGTTGGTCGATTTCCTCGT

upper sequence: Vv07s0031g00920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA05G31450.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gttcttaatctgaaattttccttttctatgtgaaggttatgaattcatcatagagggggcgtctaatctcactcatgtttttgttgtcaatctttgtatgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATTTTAAGAGTGGTCAAACCAAGATGAAATCTGTATTGGTGGATTTCCTTGT
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gttcattat-tga---ttattattattatgtg--ggttattaaatt-ttatttatgcaaaat--aaataaattggtgaattt-----tgctttgtgttt-tcgtcagGGCTGATTGATCTGGCCATCAAGAGGAACAGTTTGATTGGAGGAGATGACTTTAAGAGTGGTCAGACCAAAATGAAATCTGTGTTGGTGGATTTCCTTGT

upper sequence: Vv07s0031g00920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA08G14670.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gttcttaatctgaaattttccttttctatgtgaaggttatgaattcatcatagagggggcgtctaatctcactcatgtttttgttg-tcaatctttgtatgtct-tcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATTTTAAGAGTGGTCAAACCAAGATGAAATCTGTATTGGTGGATTTCCTTGT
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--------------------gtttattat-taaacattatgcaaaaa--atagctaacgttacaaaatttaaaaatatatgggtgaatttgtacttgtgttttcatcagGACTCATTGATCTGGCCATCAAAAGGAATAGTTTGATTGGAGGAGATGACTTTAAGAGTGGTCAGACCAAAATGAAATCGGTGTTGGTGGATTTCCTAGT

upper sequence: Vv07s0031g00920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA18G02210.4 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gttcttaatctgaaattttccttttctatgtgaaggttatgaattcatcatagagggggcgtctaatctcactcatgtttttgttgtcaatctttgtatgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATTTTAAGAGTGGTCAAACCAAGATGAAATCTGTATTGGTGGATTTCCTTGT
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-------gttggatgcttgccttt---atgtcccccccacaacttaa----attgtttgtatttatgctaatttgtgaactt-tggtttgtgtt-gt-tgtcatcagGGCTGATTGATCTTGCCATCGCGAGGAACACTTTGATTGGTGGAGATGACTTCAAGAGTGGTCAGACCAAAATGAAATCTGTGTTGGTTGATTTTCTTGT

upper sequence: Vv07s0031g00920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT4G39800.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
gttcttaatctgaaattttccttttctatgtgaaggttatgaattcatcatagagggggcgtctaatctcactcatgtttttgttgtcaatctttgtatgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATTTTAAGAGTGGTCAAACCAAGATGAAATCTGTATTGGTGGATTTCCTTGT
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------------------gtttcatgtagttgagttttaatcactcattgatcaatcaatattggaaatcatgactgattttcttgggggtttgt-------tgtagGTCTAATTGATATGGCGATCAGGAACAATGTTTTGATCGGTGGAGATGATTTCAAGAGTGGTCAAACCAAGATGAAATCTGTCTTGGTTGATTTCCTAGT

upper sequence: Vv07s0031g00920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT5G10170.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
gttcttaatctgaaattttccttttctatgtgaaggttatgaattcatcatagagggggcgtctaatctcactcatgtttttgttgtcaatctttgtatgtctt---cagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATTTTAAGAGTGGTCAAACCAAGATGAAATCTGTATTGGTGGATTTCCTTGT
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-----------------------------gtaactaaattaaactatatctagatagtattaatgaccttcaattttctatagtaatcacattttgcttatattatacagGGCTTATTGAATTAGCCATAAAGAGAAACTGCTTGATCGGTGGTGATGACTTCAAGAGTGGTCAGACCAAGATGAAGTCTGTCCTCGTCGATTTCCTTGT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110726065|gb|EE103102.1|EE103102
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|110380224|gb|EC945471.1|EC945471
EST:     CTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: CTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|110371149|gb|EC934944.1|EC934944
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|18458737|gb|BM437015.1|BM437015
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|110729372|gb|EE105268.1|EE105268
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|110703366|gb|EE080147.1|EE080147
EST:     TCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: TCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|18458132|gb|BM436410.1|BM436410
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|110713164|gb|EE088844.1|EE088844
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|30296451|gb|CB973245.1|CB973245
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|30298421|gb|CB975215.1|CB975215
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|33405434|gb|CF211061.1|CF211061
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|27580032|gb|CB002727.1|CB002727
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|351016826|gb|FQ424253.1|FQ424253
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|110687646|gb|EE065294.1|EE065294
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|29784522|gb|CB345364.2|CB345364
EST:     TTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: TTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|30295971|gb|CB972765.1|CB972765
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGGACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTAATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|294966526|gb|GW837661.1|GW837661
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|110733015|gb|EE108807.1|EE108807
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|110712332|gb|EE089829.1|EE089829
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|110686165|gb|EE063519.1|EE063519
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|110715508|gb|EE093637.1|EE093637
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|110699239|gb|EE076063.1|EE076063
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|30327700|gb|CD010962.1|CD010962
EST:     CAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: CAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|225387940|gb|GO307571.1|GO307571
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|18458598|gb|BM436876.1|BM436876
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|110685059|gb|EE063046.1|EE063046
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|156736210|gb|EV240331.1|EV240331
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|18459446|gb|BM437724.1|BM437724
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|18458241|gb|BM436519.1|BM436519
EST:     GGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|110707572|gb|EE084125.1|EE084125
EST:     ATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: ATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|33407001|gb|CF212628.1|CF212628
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATCGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|27581095|gb|CB003790.1|CB003790
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|30254160|gb|CB971175.1|CB971175
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
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EST: gi|32268456|gb|CD717615.1|CD717615
EST:     CAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
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EST: gi|110390762|gb|EC955689.1|EC955689
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|30296613|gb|CB973407.1|CB973407
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genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|34547806|gb|CF516038.1|CF516038
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|32249601|gb|CD715420.1|CD715420
EST:     CAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: CAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
EST: gi|18459650|gb|BM437928.1|BM437928
EST:     GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAG                         GGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAACAGTTTGATTGGTGGGGATGATT
genomic: GGAAAATGTTCCCTTTATCAATGGAAGCCCACAGAACACTTTTGTTCCAGgttcttaatc ... atgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagggggcgtctaatctcactcatgtttttgttgtcaatctttgtatgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATTTTAAGAGTGGTCAAACCAAGATGAAATCTGTATTGGTGGATTTCCTTGT
             atctcac  putative branch site (score: 3)
                                              tgtcttc  putative PPT
                      atgttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttcttaatctgaaattttccttttctatgtgaaggttatgaattcatcatagagggggcgtctaatctcactcatgtttttgttgtcaatctttgtatgtcttcagGGCTGATTGATTTGGCTATTAAGAGGAATAGTTTGATTGGTGGGGATGATTTTAAGAGTGGTCAAACCAAGATGAAATCTGTATTGGTGGATTTCCTTGT

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA