1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tggacagtaaaattttgcaagtgtatctagtgaatgtattattcctggggaagcatttctttgacctttatttattcaactgggtccaatggtgttacagCTTCAAGGAGTTAGCTGGAAGTCGCCCCTTATCAGAATTAACTACTGCTGAGGAAGCAGCTGCTACTGCAGGTGCATTTTCAGATGCTAATGGCCAAGGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0005g04280.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACGAGGATATTGGAGAATCCAAATCAGCAACTGGATCGCTATTTGAACAG CTTCAAGGAGTTAGCTGGAAGTCGCCCCTTATCAGAATTAACTACTGCTGA
genomic: ACGAGGATATTGGAGAATCCAAATCAGCAACTGGATCGCTATTTGAACAGgtggatctct ... ggtgttacagCTTCAAGGAGTTAGCTGGAAGTCGCCCCTTATCAGAATTAACTACTGCTGA
tggggaagcatttctttgacctttatttattcaactgggtccaatggtgttacagCTTCAAGGAGTTAGCTGGAAGTCGCCCCTTATCAGAATTAACTACTGCTGAGGAAGCAGCTGCTACTGCAGGTGCATTTTCAGATGCTAATGGCCAAGGG
ctttgac putative branch site (score: 4)
tttatttattcaact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggacagtaaaattttgcaagtgtatctagtgaatgtattattcctggggaagcatttctttgacctttatttattcaactgggtccaatggtgttacagCTTCAAGGAGTTAGCTGGAAGTCGCCCCTTATCAGAATTAACTACTGCTGAGGAAGCAGCTGCTACTGCAGGTGCATTTTCAGATGCTAATGGCCAAGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - -agtaaaa
- - - - - - ttttgca
- - - - - - - - - - - - - - -gtgaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggaagca